Các bệnh tự miễn rất nguy hiểm và khó điều trị dứt điểm vì các lý do sau:

Hệ thống miễn dịch tấn công tế bào và mô của chính cơ thể:

Bệnh tự miễn xảy ra khi hệ thống miễn dịch của cơ thể nhầm lẫn và tấn công các tế bào, mô, hoặc cơ quan của chính mình, vì nó không nhận diện được những cấu trúc này là "của mình". Điều này dẫn đến viêm nhiễm, tổn thương các cơ quan quan trọng như khớp, thận, da, thần kinh, hay tim.
Phức tạp trong việc chẩn đoán và điều trị:

Các bệnh tự miễn có triệu chứng rất đa dạng và có thể phát triển từ từ, làm cho việc chẩn đoán trở nên khó khăn. Điều này dẫn đến việc bệnh có thể bị bỏ qua hoặc chẩn đoán muộn, khi các tổn thương đã nghiêm trọng.
Điều trị bệnh tự miễn thường tập trung vào việc kiểm soát triệu chứng và ngăn chặn hệ miễn dịch tấn công cơ thể. Tuy nhiên, việc điều chỉnh hệ miễn dịch một cách chính xác để không làm giảm khả năng bảo vệ cơ thể khỏi các tác nhân bên ngoài là rất khó khăn.
Khó điều trị dứt điểm:

Bệnh tự miễn thường không có cách chữa trị hoàn toàn, vì hệ miễn dịch bị rối loạn và có xu hướng tái phát. Mặc dù có thể kiểm soát bệnh bằng thuốc (như thuốc ức chế miễn dịch), nhưng việc ngừng thuốc hoặc điều trị không phù hợp có thể dẫn đến bệnh tái phát.
Các phương pháp điều trị cũng có thể gây tác dụng phụ nghiêm trọng, như suy giảm hệ miễn dịch, khiến bệnh nhân dễ bị nhiễm trùng.
Diễn biến bệnh không thể đoán trước:

Bệnh tự miễn có xu hướng diễn biến không đều, với các giai đoạn tồi tệ (cơn bộc phát) và các giai đoạn thuyên giảm. Điều này làm cho việc theo dõi và kiểm soát bệnh trở nên khó khăn hơn.
Ảnh hưởng lâu dài đến chất lượng sống:

Các bệnh tự miễn, đặc biệt là khi không được kiểm soát tốt, có thể gây tổn thương vĩnh viễn đến các cơ quan trong cơ thể, dẫn đến giảm chất lượng sống nghiêm trọng và thậm chí là tàn tật vĩnh viễn.
Vì vậy, các bệnh tự miễn được xem là rất nguy hiểm và khó điều trị dứt điểm, đòi hỏi sự theo dõi, điều trị lâu dài và có thể không thể chữa khỏi hoàn toàn.