Việc chọn giống bằng bộ gene (Genomic Selection - GS) được áp dụng rộng rãi và thành công hơn ở bò sữa so với bò thịt xuất phát từ những khác biệt căn bản về đặc điểm sinh học, cấu trúc ngành hàng và giá trị kinh tế.

Dưới đây là các lý do chính giải thích cho sự chênh lệch này:

1. Rút ngắn khoảng cách thế hệ vượt trội

Ở bò sữa, các tính trạng quan trọng nhất (như sản lượng sữa, độ béo, protein) là tính trạng hạn chế theo giới tính (chỉ biểu hiện ở con cái).

• Truyền thống: Để biết một con bò đực có gen tốt hay không, người ta phải đợi nó trưởng thành, phối giống, và đợi con gái của nó lớn lên để đo sản lượng sữa (mất 5–7 năm).

• Bằng bộ gene: Có thể dự đoán chính xác giá trị di truyền ngay khi bò con vừa sinh ra qua xét nghiệm DNA. Điều này cắt giảm thời gian chờ đợi từ 6 năm xuống còn vài tháng, giúp tiến bộ di truyền tăng vọt.

• Ngược lại: Ở bò thịt, các tính trạng như tốc độ tăng trưởng hay khối lượng cơ bắp có thể đo lường trực tiếp trên cả con đực và con cái ở độ tuổi sớm hơn, nên ưu thế rút ngắn thời gian của GS không "ấn tượng" bằng.

2. Cấu trúc quần thể và dữ liệu tham chiếu

Để phương pháp bộ gene chính xác, cần một "quần thể tham chiếu" khổng lồ (hàng nghìn con bò vừa có dữ liệu DNA, vừa có số liệu năng suất thực tế).

• Bò sữa: Ngành bò sữa thế giới (đặc biệt là giống Holstein) có tính tập trung rất cao. Dữ liệu phả hệ và năng suất sữa được ghi chép cực kỳ bài bản và đồng nhất trên toàn cầu trong nhiều thập kỷ.

• Bò thịt: Có rất nhiều giống khác nhau (Angus, Hereford, Brahman, Wagyu...) và chăn nuôi thường phân tán. Việc tập hợp một bộ dữ liệu khổng lồ và chuẩn hóa cho từng giống bò thịt khó khăn hơn nhiều.

3. Hiệu quả kinh tế và công nghệ hỗ trợ

• Sử dụng thụ tinh nhân tạo (AI): Ngành bò sữa sử dụng tinh đông lạnh và thụ tinh nhân tạo gần như tuyệt đối. Một con bò đực giống tốt được chọn lọc bằng bộ gene có thể tạo ra hàng vạn con lai, giúp chia nhỏ chi phí xét nghiệm gene trên mỗi đầu con.

• Giá trị sản phẩm: Sản lượng sữa là chỉ số thu lợi nhuận hàng ngày. Việc tăng 10-20% sản lượng sữa nhờ chọn giống tốt mang lại dòng tiền tức thì và rõ rệt hơn so với việc chờ đợi bò thịt xuất chuồng sau 2 năm.

4. Các tính trạng khó đo lường

Bò sữa tập trung vào các tính trạng có hệ số di truyền thấp hoặc khó đo lường như: độ bền bỉ của bầu vú, khả năng sinh sản, và các bệnh tiềm ẩn. Phương pháp bộ gene giải quyết các bài toán này hiệu quả hơn nhiều so với việc quan sát bằng mắt thường hay chọn lọc truyền thống.