Các bào quan này có chức năng chuyển hoá năng lượng, bao gồm hai bào quan: ty thể và các lạp thể. Ty thể có trong tất cả các tế bào nhân thực và các lạp thể đặc biệt là lục lạp chỉ có ở thực vật, đều có chức năng biến đổi năng lượng thành dạng hữu ích để hoạt hoá các phản ứng của tế bào. Cả hai bào quan này đều có hình thái đặc biệt, đều chứa bên trong một số lớn cấu trúc màng. Các màng này đóng vai trò quyết định trong hoạt động chuyển hoá năng lượng của hai bào quan này. Thứ nhất, chúng là điểm tựa cơ học cho sự vận chuyển điện tử để biến đổi năng lượng của các phản ứng oxy hoá. Thứ hai chúng bao bọc nhiều cấu trúc bên trong chứa các enzim xúc tác các phản ứng khác của tế bào. Ngoài ra cả hai có bộ máy di truyền độc lập riêng, đó là phân tử ADN vòng giống như vi khuẩn, và có nguồn gốc tiến hoá giống nhau. Về vấn đề này có 2 quan điểm:

• Quan điểm phát triển: Trong quá trình phát triển và tiến hoá của tế bào nhân thực, các bào quan năng lượng hình thành từ màng nhân. Màng nhân eo thắt tạo thành thể khởi sinh (i). Từ thể khởi sinh sẽ phân hoá thành hai dạng bào quan: ty thể, lạp thể ([link]).
• Quan điểm cọng sinh: trong quá trình tiến hoá của tế bào nhân thực, vi khuẩn xoắn cọng sinh với tế bào nhân thực nguyên thủy và biến đổi thành ty thể. Còn lục lạp là kết quả của quá trình tăng trưởng về khối lượng của ty thể, mào gà đứt ra và biến đổi thành hệ thống thylakoit trên cơ sở hình thành các sắc tố quang hợp dưới tác dụng của ánh sáng mặt trời.

Nguồn gốc của hệ thống màng sinh chất tế bào, mh= màng kép nhân; ER=mạng lưới nội chất; sz= thể cầu;pl=màng ngoại chất; t= màng nội chất; i=thể khởi sinh; m= ty thể; p= lạp thể; d=dictyosom; Go= bọng Golgi; l=lizosom
Ty thể Ty thể có hình dáng và kích thước giống tế bào vi khuẩn tức là hình trụ kéo dài, có đường kính 0,5 - 1μm. Nó gồm các phần sau ([link]):
+ Chất nền (matrix): là phần chất choán bên trong của ty thể. Chất nền chứa một hỗn hợp rất đậm đặc của hàng trăm enzim, gồm các enzim cần cho oxy hoá piruvat, các axit béo và trong chu trình axit citric. Nó chứa các bản sao của ADN và các enzim khác nhau cần cho sự biểu hiện của các gen ty thể.
Ty thể
(A.) Sơ đồ cấu tạo ty thể (B.) Ảnh siêu hiển vi ty thể
+ Màng trong: màng trong được xếp lại nhiều nếp nhăn gọi là mào gà, làm tăng diện tích của màng. Nó chứa các protein với ba chức năng:

• Thực hiện các phản ứng oxy hoá trong chuổi hô hấp.

• Một phức hợp enzim có tên ATP synthetaza tạo ra ATP trong cơ chất.

• Các protein vận chuyển đặc biệt điều hoà sự đi qua các chất ra ngoài hoặc vào trong chất nền. Vì có thang điện hoá, bộ máy của ATP synthetaza được thiết lập xuyên qua màng này do chuổi hô hấp, nên điều quan trọng là màng không thấm đối với các phần lớn ion nhỏ.

+ Màng ngoài: nhờ một protein tạo một kênh quan trọng, nên màng ngoài bị thấm bởi các phân tử nhỏ hơn hay bằng 10.000 dalton. Các protein khác bao gồm các enzim tham gia tổng hợp lipit trong ti thể và các enzim chuyển hoá lipit sang dạng tham gia trao đổi chất và tiếp theo trong matrix.
+ Khoảng giữa màng, chứa nhiều enzim sử dụng ATP do matrix đưa ra để phophorin hoá các nucleotit khác.
Ty thể là trung tâm năng lượng của tế bào. Quá trình phân huỷ hiếu khí các thức ăn kèm theo tổng hợp ATP được gọi là hô hấp tế bào. Hô hấp tế bào là quá trình trải qua nhiều bước do enzim xúc tác, nhờ đó tế bào chiết rút năng lượng từ polysaccharit, lipit, protein và các chất hữu cơ khác. Toàn bộ quá trình dị hoá từ khi thu nhận các chất dinh dưỡng đến sự phân huỷ hoàn toàn, có thể chia thành ba giai đoạn:

• Giai đoạn phân giải các chất đa trùng phân thành các chất đơn giản như protein thành a.amin, polysaccharit thành glucoza, lipit thành axit béo và glyxerol. Các phản ứng này xảy ra do sự xúc tác của enzim ở các mô dự trữ, thể vùi.
• Giai đoạn phân giải ở tế bào chất. Các chất đơn giản sẽ đi vào tế bào và chịu sự phân giải mạnh hơn ở tế bào chất như glucoza với quá trình đường phân biến thành pyruvat để xâm nhập vào ti thể. Trong ty thể pyruvat được chuyển hoá thành nhóm axetyl của hợp chất axetyl - coenzim A. Các glyxerol của lipit được chuyển hoá thành photphoglyxeraldehit rồi thành pyruvat. Các axit béo được chia cắt thành từng đoạn 2C để gắn vào thành axetyl -coenzim A. Các axit amin có nhiều cách chuyển hoá khác nhau: Một số axit amin chuyển thanh pyruvat, một số axit amin khác chuyển thành axetyl -CoA, số axit amin khác chuyển thành chất tham gia chu trình Krebs.
• Sự biến đổi năng lượng xảy ra trong ty thể, nhóm axetyl của axetyl -CoA qua chu trình axit citric (chu trình Krebs) và hệ thống chuyền điện tử được oxy hoá hoàn toàn để thành CO2, H2O . Trong quá trình oxy hoá cuối cùng tạo ra 34ATP + 2ATP (của đường phân), có tất cả 36ATP. Mỗi ATP cung cấp 7,3Kcal. Phân tử glucoza chứa năng lượng tự do khoảng 670kcal/mol, sự phân giải glucoza chỉ tích luỹ được 270kcal/mol dạng năng lượng sinh học chiếm 39% năng lượng ban đầu của glucoza, 61% năng lượng còn lại được toả ra ở dạng nhiệt góp phần thúc đẩy nhanh các phản ứng khác nhau trong tế bào, một số nhiệt phế thải ở dạng entropie.

Lạp thể Trong các tế bào của phần lớn thực vật đều có lạp thể - là một thể nhỏ mà ở đó diễn ra sự tổng hợp hoặc tích luỹ các chất hữu cơ. Ở thực vật bậc thấp chỉ chứa một hoặc hai lạp có hình dạng khác nhau và khác với lục lạp có dạng bầu dục của thực vật bậc cao, có tên gọi là sắc thể, trên chúng có hạch tạo bột để tổng hợp tinh bột. Mặc dù các lạp thể có khác nhau về hình thái cấu trúc và chức năng, chúng có quan hệ với nhau qua sự hình thành cấu trúc mầm (tiền lạp thể) ở các mô phân sinh, và một loại lạp có thể biến đổi thành loại lạp khác ([link]).
Sơ đồ quan hệ phát sinh giữa các lạp thể: phía dưới là tiền lạp thể và vô sắc lạp; phía trên là lục lạp và sắc lạp
Sự phân loại lạp thường dựa vào sự có mặt có sắc tố, chiếm ưu thế hay không có sắc tố như lạp không màu là lạp không có sắc tố, lạp màu là lạp chứa nhóm sắc tố carotenoit chiếm ưu thế, lục lạp chứa nhóm sắc tố chlorophin chiếm ưu thế và có vai trò sinh lý trong quang hợp, sử dụng được năng lượng ánh sáng mặt trời.
+ Lục lạp: Lục lạp điển hình có dạng hình thấu kính, đường kính gần 5μm và dày 1μm. Mỗi tế bào có từ 20 - 100 lục lạp, chúng có thể lớn lên và phân chia theo kiểu trực phân như ty thể. Lục lạp không đơn giản chỉ là cái túi chứa đầy chlorophin mà điều rất quan trọng của lục lạp là hệ thống cấu trúc màng. Chúng có màng ngoài rất dễ thấm, màng trong rất ít thấm, trong đó chứa nhiều protein vận chuyển đặc biệt và một khoảng không gian hẹp nằm giữa hai màng trong và ngoài. Màng trong bao quanh một vùng không xanh lục được gọi là stroma tương tự như chất nền (matrix) của ty thể. Stroma chứa các enzim, các riboxom, ARN và ADN. Có sự khác nhau quan trọng giữa tổ chức của các ti thể và lục lạp. Màng trong của lục lạp không xếp thành mào gà và không chứa chuổi chuyền điện tử. Ngược lại, hệ thống quang hợp hấp thụ ánh sáng, chuổi chuyền điện tử và ATP synthetaza đều chứa trong màng thứ ba tách ra từ màng thứ hai. Màng thứ ba hình thành một tập hợp các túi dẹp có hình đĩa gọi là các thylakoit mà tại đó các phân tử sắc tố quang hợp được tổng hợp dưới tác dụng của ánh sáng mặt trời. Lớp phân tử chlorophin cũng như carotenoit và lớp phân tử photpholipit nằm giữa protein, có một diện tích khá lớn. Ngoài ra, cấu trúc lớp có thể dễ dàng chuyền năng lượng từ phân tử protein này đến phân tử bên cạnh. Người ta cho rằng ánh sáng của mỗi thylakoit này được nối với ánh sáng của thylakoit khác, chúng xác định một thành phần cấu trúc gọi là khoảng trong thylakoit được tách ra với stroma bởi màng của thylakoit. Các thylakoit được xếp chồng lên nhau tạo thành một phức hợp cấu trúc hạt (grana). Các phân tử diệp lục nằm trên màng thylakoit của grana, nên ta thấy lá cây, thân non, quả non ... có màu xanh.
Lục lạp là đơn vị cơ năng quang hợp nhờ đó mà năng lượng ánh sáng mặt trời thu nhận nhờ sắc tố chlorophin và sử dụng để khử các chất vô cơ (CO2 và H2O ...) thành cacbonhydrat và O2. Thực chất của quang hợp là sự chuyển hoá năng lượng ánh sáng thành năng lượng hoá học ở dạng liên kết phân tử. Các phản ứng quang hợp có vai trò quan trọng là dự trữ năng lượng, mà năng lượng này được thu nhận từ vũ trụ để duy trì sự sống.
Quang hợp được thực hiện ở bào quan lục lạp của tế bào. Quá trình được thực hiện gồm hai pha chủ yếu:

• Pha sáng thu nhận và tích trữ năng lượng ở dạng ATP và NADPH xảy ra ở màng thylakoit. Nó sử dụng 48 phôton ánh sáng nhờ các phức hợp enzim và cấu trúc tinh vi của lục lạp, để quang phân ly 12 phân tử nước, thải ra 6O2, tích trữ được 12 NADPH2 và 18ATP, trong số đó có 6ATP được sử dụng cho tế bào.
• Pha tối xảy ra ở stroma, nó sự dụng 18 ATP và 12 NADPH2 của pha sáng để tổng hợp chất hữu cơ theo chu trình Calvin.

• Lạp màu: các lạp màu có hình dạng khác nhau: kéo dài, phân thuỳ, có góc cạnh, hình cầu, thường có màu vàng hoặc màu cam thuộc nhóm carotenoit. Các lạp màu có các thể vùi như: tinh thể carotenoit, các cầu nhỏ hiển vi và siêu hiển vi, các bó sợi siêu hiển vi. Carotin trong các lạp màu cà rốt đầu tiên giống như các hạt nhỏ nhưng về sau chúng kết tinh thành dải, dạng phiến hoặc xoắn ốc. Đến nay, người ta vẫn chưa biết các tinh thể trưởng thành có màng kép lạp hay không. Sự phát triển của các lạp màu với thể vùi hình cầu, hình sợi từ các lục lạp thường kéo theo sự phá huỷ của các hạt grana. Các lạp màu còn phát triển từ các lạp không màu.
• Lạp không màu: Các lạp không màu không phải là một nhóm lạp xác định rõ ràng. Chúng có ở những tế bào trưởng thành không bị phơi ra ngoài ánh sáng như ở tuỷ thân, các cơ quan dưới đất. Chúng chưa được phân hoá rõ ràng từ các lạp chưa trưởng thành của các tế bào mô phân sinh. Các lạp của biểu bì thường không mang chất màu và được xếp vào nhóm lạp không màu. Lạp không màu thường xuất hiện như những khối nguyên sinh chất nguyên sinh, hình dạng có thể thay đổi hay bền vững. Chúng thường tụ tập gần nhân. Các lạp không màu được chuyển hoá như những thể dự trữ tinh bột và được coi là lạp bột. Lạp dầu cũng là lạp không màu có chức năng dự trữ các chất dạng lipit. Các chất béo không chỉ được phát sinh từ các lạp dầu mà còn trực tiếp từ tế bào chất.
• Nguồn gốc của các lạp : Trong sự phát triển cá thể tế bào của mô phân sinh, có các lạp nhỏ không có cấu trúc hoặc có cấu trúc hết sức đơn giản nhưng thường có một hạt tinh bột, gọi là các tiền lạp thể. Từ tiền lạp thể hình thành các lạp khác nhau (hình 22). Trong các lạp, các ADN vòng chúng tiến hành sao mã và phân chia theo kiểu trực phân.

Theo chủng loại phát sinh các lạp có hai quan điểm khác nhau:

• Quan điểm phát triển: trong quá trình tiến hoá từ sinh vật tiền nhân đến sinh vật nhân thực, các lạp được phân hoá trong tế bào chất, để thực hiện các chức năng quang hợp, dự trữ ...
• Quan điểm cọng sinh: các lạp thể có nguồn gốc từ ty thể. Ty thể tăng trưởng, các mào răng lược tách khỏi màng trong và phát triển thành các grana. Cũng có người cho rằng, bào quan lục lạp là kết quả cọng sinh của tế bào vi khuẩn lam với tế bào sinh vật nhân thực.