Vừa chữa bệnh, vừa dạy học, Hải Thượng Lãn Ông vừa biên soạn sách, vì ông nghĩ: “Tôi thấy y lý bao la, sách vở chồng chất, chia môn xếp loại tản mạn vô cùng. Những sách do những bậc hiền triết tiền bối luận về bệnh, về ý nghĩa của đơn thuốc, về tính vị bài thuốc có nhiều chỗ chưa nói đến nơi, đến chốn, tất phải thâu tóm hàng trăm cuốn, đúc thành một pho để tiện xem, tiện đọc.” Bộ sách “Y tông tâm lĩnh ” (nghĩa là những điều đã lĩnh hội được của những thầy thuốc trước), được Hải Thượng Lãn Ông công phu biên soạn trong gần 10 năm trời, bắt đầu vào lúc ông đã 40 tuổi (1760) và căn bản hoàn thành khi ông tròn 50 tuổi (1770). Nhưng từ đó cho đến một năm trước khi ông mất, nghĩa là trong vòng 20 năm nữa, Hải Thượng còn viết bổ sung thêm một số tập nữa như “Y hải cầu nguyên” (năm 1782), “Thượng Kinh ký sự” (năm 1783), “Vận khí bí điển” (năm 1786). Toàn bộ sách Hải Thượng để lại mà ngày nay chúng ta được thừa hưởng như một tài sản vô giá của nền y học cổ truyền Việt Nam gọi là “Hải Thượng Y tông tâm lĩnh” gồm 28 tập, 66 quyển, bao gồm lý, pháp, phương, dược và biện chứng luận trị về nội khoa, ngoại khoa, phụ khoa, sản khoa, nhi khoa, đậu sởi, nhãn khoa, thương khoa, cấp cứu và cả đạo đức y học, vệ sinh phòng bệnh v.v... Điểm đặc sắc đầu tiên nổi bất của bộ sách “Y tông tâm lĩnh” là Hải Thượng Lãn ông đã tiếp thu có phê phán, chọn lọc những tinh hoa y học nước ngoài rồi vận dụng những kiến thức cơ bản ấy vào điều kiện cụ thể về khí hậu, về con người và cả về cách suy nghĩ của con người Việt Nam, nhất là những lí luận cơ bản của nền y học Trung Quốc cũng như những kinh nghiệm chữa bệnh của những thầy thuốc trước, của nhân dân lao động, kể cả một số ít giáo sĩ phương Tây khi ấy mới sang Việt Nam ta.