Ngành giao thông đường biển ở Nhật Bản lại có vị trí đặc biệt trong nền kinh tế vì:

• Đất nước Nhật Bản là quần đảo với 4 đảo lớn và hàng ngàn đảo nhỏ, đường bờ biển dài, việc giao lưu kinh tế xã hội trong nước và nước ngoài chủ yếu thực hiện bằng đường biển.
• Đất nước nghèo tài nguyên, nền sản xuất lớn tư bản chủ nghĩa gắn liền với hoạt động xuất nhập khẩu hàng hóa và thị trường thế giới nên do đó giao thông vận tải biển có vị trí đặc biệt nhằm hỗ trợ cho việc xuất nhập khẩu của Nhật Bản.
• Giao thông vận tải biển là loại hình giao thông có nhiều ưu thế: giá rẻ, chở được hàng nặng, cồng kềnh đi xa, đường giao thông có sẵn nên đỡ tốn chi phí làm đường do đó giảm chi phí sản xuất, tăng lợi nhuận.