Tự thụ phấn ở cây giao phấn và giao phối gần ở động vật lại gây ra hiện tượng thoái hóa giống do tỷ lệ kiểu gen dị hợp tử trong quần thể giảm, tỉ lệ đồng hợp tử tăng dần, trong đó các gen lặn có hại tổ hợp lại với nhau trong thể đồng hợp lặn và biểu hiện các tính trạng có hại ra bên ngoài → gây thoái hóa giống

Ví dụ: Ở gà thả nuôi trong vườn của hộ gia đình ở thôn quê do giao phối gần nên chỉ sau 1 → 2 năm thì chúng bị sinh trưởng và phát triển kém và dễ bị toi.