nguyên nhân cuộc nội chiến: 

• Nguyễn Kim bị sát hại năm 1545, con rể là Trịnh Kiểm lên thay. Trịnh Kiểm âm mưu nắm trọn binh quyền, đầu độc giết Nguyễn Uông (con cả của Nguyễn Kim).
• Con trai thứ Nguyễn Hoàng nghe theo lời khuyên của Nguyễn Bỉnh Khiêm xin vào trấn thủ Thuận Hóa tránh bị anh rể hãm hại. Trịnh Kiểm muốn tay quân Mạc giết Hoàng và cho rằng Thuận Hóa là mảnh đất hoang vu, xa xôi nên đồng ý để Nguyễn Hoàng trấn thủ Thuận Hóa. Nguyễn Hoàng đánh bại quân nhà Mạc, lấy được lòng dân tại Thuận Hóa. 
• Trịnh Kiểm chết, năm 1570 con cả Trịnh Cối lên thay ngôi, sau đó bị em Trịnh Tùng đoạt quyền. Trịnh Tùng thao túng triều đình, lập vua nhỏ là Thế Tông sau khi giết vua Lê Anh Tông. Năm 1592, Trịnh Tùng đuổi họ Mạc chạy lên Cao Bằng, rước vua Lê về kinh thành và bắt đầu âm mưu với Nguyễn Hoàng ở phía Nam. 

• Đất nước ta bị chia cắt thời gian dài trong suốt hai thế kỉ: Chiến tranh Trịnh Nguyễn ròng rã 46 năm gây nên các tổn thất nặng nề về người và của. Nhân dân ta bị chia cắt thành hai phía, gây ra mâu thuẫn và thù hằn dân tộc. Địa bàn các tỉnh Nghệ An, Hà Tĩnh, Quảng Bình chịu các tổn thất và tàn phá nghiêm trọng của chiến tranh. 
• Cuộc chiến đã làm cản trở sự phát triển của đất nước ta: Nhân dân hai miền phải li tán, đói khổ…Cả hai bên đều kiệt quệ về người và của phải đình chiến, đất nước tiếp tục bị chia cắt. 
  • Ở Đàng Ngoài: Cho đến đời Trịnh Tùng thì xưng vương, đã xây dựng phủ chúa bên cạnh triều Lê. “Chúa Trịnh” thì nắm mọi quyền hành, vua Lê chỉ là bù nhìn. Tuy nhiên thì mối quan hệ giữa hai thế lực này là dựa dẫm vào nhau để bảo vệ quyền lợi của dòng họ mình, lịch sử gọi là “vua Lê – chúa Trịnh”.
  • Ở Đàng Trong: Con cháu họ Nguyễn cũng đã truyền nối nhau cầm quyền, gọi là “chúa Nguyễn”.