Giống: Đều cho biết thành phần nguyên tố và số lượng nguyên tử của mỗi nguyên tố trong phân tử

Khác: Công thức phân tử không biểu diễn thứ tự và cách thức liên kết giữa các nguyên tử, trong khi công thức cấu tạo nói lên rõ điều này. 

Ví dụ với CTPT: C2H6O ta chưa biết hợp chất này là gì, có thứ tự sắp xếp các nguyên tố như thế nào. Ta chỉ biết phân tử này được tạo nên từ 2 nguyên tử C, 6 nguyên tử H và 1 nguyên tử O

Với CTPT C2H6O nếu:

+ Có CTCT là CH3CH2OH thì đây là rượu etylic

+ Có CTCT là CH3OCH3 thì đây là ete

2 CTCT này có tính chất hóa học khác hoàn toàn nhau