Hợp đồng được ký kết và để lại hậu quả nghiêm trọng. Có thể thấy hiệp ước Nhâm Tuất ra đời khiến người dân phải chịu nhiều thiệt thòi, làm vi phạm chủ quyền lãnh thổ của VN. Hậu quả chính gồm:

• Triều đình chính thức đầu hàng Pháp.
• Triều đình Nguyễn từ bỏ trách nhiệm tổ chức và lãnh đạo kháng chiến chống Pháp đồng thời cũng thể hiện ý thức vì lợi ích riêng của triều đình phong kiến nên đã phản bội một phần lợi ích dân tộc.
• Làm mất 3 tỉnh miền Đông Nam Kỳ.

• Rõ ràng hiệp định vô cùng bất lợi cho nhân dân ta, làm vi phạm chủ quyền lãnh thổ của VN. 
• Với bản hòa ước Nhâm Tuất thì triều Nguyễn đã mất đi 1/2 vựa lúa lớn nhất cả nước. Đồng thời nó cũng mở cửa biển tạo điều kiện cho Pháp dễ dàng đưa quân sang tấn công ta nhanh hơn. 
• Việc bồi thường chiến phí làm cho lực lượng trong nước càng yếu hơn , nghèo hơn. 
• Nhà Nguyễn bị Pháp đánh trúng tâm lí nên đã mắc mưu là sẽ ”trả lại” thành Vĩnh Long. Hiệp ước đã chứng tỏ sự nhu nhược, hèn nhát, không chủ động tấn công địch của triều đình nhà Nguyễn, bước đầu nhà Nguyễn đã đầu hàng Thực dân Pháp.
• Triều đình nhà Nguyễn vì quyền lợi giai cấp quên đi nền độc lập của dân tộc, đồng thời chỉ lo cho sự an nguy của gia tộc chứ không nghĩ tới hậu quả và không có lòng tin vào nhân dân. Tâm lý sợ địch, không biết sử dụng sức mạnh của nhân dân để kháng chiến chống Pháp.
• Hiệp ước Nhâm Tuất 1862 còn đc xem như Văn kiện bán nước đầu tiên của triều đình nhà Nguyễn, cũng là cơ sở cho thực dân Pháp xâm lược lâu dài nước ta.