Sau khi Tổng đốc Lê Đình Lý bị trúng đạn trọng thương, rồi hy sinh, Tự Đức đã cử Thống chế Chu Phúc Minh lên làm Tổng đốc quân vụ thay Lê Đình Lý. Sau đó, Tự Đức điều Nguyễn Tri Phương, võ tướng số một của ta, đang làm Kinh lược sứ Nam Kỳ ra chỉ huy mặt trận Đà Nẵng, thay cho Chu Phúc Minh. Là một võ quan có tài thao lược, ngay từ đầu Nguyễn Tri Phương đã đánh giá tình hình một cách đúng đắn và đề ra một phương lược phòng thủ và đánh địch năng động, thích hợp. Ông chủ trương không tiến công địch chính diện để tránh sức mạnh hỏa lực của địch, mà bao vây chặn địch ngoài mé biển, tăng cường phục kích địch, không cho chúng tiếp xúc với dân, thực hiện “vườn không, nhà trống”, cô lập và triệt đường tiếp tế, cung cấp lương thực tại chỗ.

Cho đến hết năm 1858, quân địch vẫn không sao mở rộng được địa bàn chiếm đóng, phá vỡ thế phòng thủ của ta, để thực hiện chiến lược đánh nhanh, thắng nhanh.