Than bùn có hợp chất bitumic rất khó phân giải. Nếu bón trực tiếp cho cây không những không có tác dụng tốt mà còn làm giảm năng suất cây trồng. Vì vậy, than bùn muốn dùng làm phân bón phải khử hết bitumic.

Trong than bùn có axit humic, có tác dụng kích thích tăng trưởng của cây. Hàm lượng đạm tổng số trong than bùn cao hơn trong phân chuồng  gấp 2 – 7 lần, nhưng chủ yếu ở dưới dạng hữu cơ. Các chất đạm này cần được phân huỷ thành đạm vô cơ cây mới sử dụng được.

Để bón cho cây, người ta không sử dụng than bùn để bón trực tiếp.   Thường than bùn được ủ với phân chuồng, phân rác, phân bắc, nước giải, sau đó mới đem bón cho cây. Trong quá trình ủ, hoạt động của các loài vi sinh làm phân huỷ các chất có hại và khoáng hoá các chất hữu cơ tạo thành chất dinh dưỡng cho cây.

Chế biến than bùn  thành các dạng phân bón khác nhau được thực hiện trong các xưởng. Thông thường quá trình chế biến thông qua các công đoạn sau đây:

Dùng tác động của nhiệt để khử bitumic trong than bùn. Có thể phơi nắng một thời gian để Ôxy hoá bitumic. Có thể hun nóng than bùn ở nhiệt độ 70oC.

Dùng vi sinh vật phân giải than bùn.  Sau đó trộn với phân hoá học NPK, phân vi lượng, chất kích thích sinh trưởng, tạo thành loại phân hỗn hợp giàu chất dinh dưỡng.