Theo số liệu từ Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Hà Nội, thành phố hiện có 70 cụm công nghiệp đang hoạt động, trong đó mới có 26 cụm công nghiệp có hệ thống xử lý nước thải. Kết quả điều tra, khảo sát, lấy mẫu và phân tích nguồn nước tại 292 làng nghề ở Hà Nội giai đoạn 2017 - 2020 cho thấy, 139 làng nghề ô nhiễm nghiêm trọng (chiếm 47,6%), 95 làng nghề ô nhiễm (chiếm 32,5%), 58 làng nghề không ô nhiễm về nguồn nước (chiếm 19,9%), tỷ lệ nước thải làng nghề được thu gom xử lý chỉ chiếm khoảng 5,2%. Ðối với việc xử lý chất thải chăn nuôi, mặc dù các hầm khí sinh học bi-ô-ga được xây dựng theo quy chuẩn, nhưng hệ thống này chỉ phát huy đối với các cơ sở chăn nuôi dưới 100 con. Với các trang trại chăn nuôi lớn, hệ thống bị quá tải, lượng nước thải ra môi trường không bảo đảm... Còn theo kết quả khảo sát tại 40 làng nghề của Trung tâm Quan trắc và Phân tích tài nguyên môi trường Hà Nội, hầu hết môi trường nước, không khí, đất đai của các làng nghề đã và đang bị ô nhiễm, thậm chí ô nhiễm ở mức báo động như: làng nghề chế biến nông sản thực phẩm ở các xã Minh Khai, Cát Quế, Dương Liễu (huyện Hoài Ðức); Kỳ Thủy, Thanh Lương, Cự Ðà, Bích Hòa (huyện Thanh Oai)… Phần lớn nước thải phát sinh từ quá trình tẩy rửa nguyên liệu, các khâu chế biến trong sản xuất chưa được thu gom, xử lý xả trực tiếp ra môi trường.