Nguyễn Trường Tộ đặt ra hàng loạt vấn đề để cải cách, mỗi vấn đề như vậy thường xuất phát từ mong muốn bảo vệ, phát triển đất nước. Trong các cải cách đó, có việc vì hướng đến như một cần kíp để đối phó kịp thời nguy cơ mất nước, có việc hướng đến lâu dài, có việc nếu muốn thực hiện thì phải giải phóng khỏi quan niệm, thói quen, cách nghĩ hay phải nhìn nhận lại sự kháng cự lại của những cái đó. 

Rất nhiều những cải cách liên quan đến kỹ thuật, đào tạo, và phần lớn những cải cách muốn thực hiện thì phải qua bàn tay triều đình, hay nói đúng hơn, Nguyễn Trường Tộ chỉ nhìn hay trông mong vào triều đình, vào quyền lực nhà nước, vào quân quyền. Tính chất của điều trần là vậy và hầu tất các cải cách Nguyễn Trường Tộ đưa ra đều thế, nó không hướng đến một tầng lớp, một bộ phận xã hội nào ngoài bộ phận cao nhất của quyền lực, ông vua.