Một số loại vi khuẩn đường ruột có lợi như Lactobacilli, Bifidobacteria, Bacillus clausii... Những vi khuẩn này mang lại nhiều lợi ích cho sức khỏe con người như:

• Giúp cơ thể tiêu hóa một số loại thực phẩm mà dạ dày và ruột non không thể tiêu hóa được.
• Giúp sản xuất một số vitamin (B và K).
• Giúp chúng ta chống lại sự xâm lược từ các vi sinh vật khác, duy trì sự toàn vẹn của niêm mạc ruột.
• Những lợi khuẩn đóng một vai trò quan trọng trong hệ thống miễn dịch, tạo ra hàng rào bảo vệ ruột. Lactobacilli và Bifidobacteria là hai loại vi khuẩn đóng góp quan trọng trong thúc đẩy đáp ứng miễn dịch dịch thể thông qua IgA tiết. Một số chủng Lactobacilli và Bifidobacteria còn có tác dụng thiết lập sự cân bằng đáp ứng miễn dịch của các tế bào lympho T giúp đỡ, kích thích sản xuất interleukin 10 và yếu tố làm biến đổi sự phát triển. Cả hai yếu tố này đều có vai trò trong tính trung hòa miễn dịch, vì vậy có tác dụng giảm các bệnh lý dị ứng.