Dạ dày là nơi cư trú chính của HP. Ngoài ra HP còn được tìm thấy tại miệng (cao răng, nước bọt), tại thực quản, tá tràng, đại tràng và túi thừa Meckel, tại những nơi có dị sản dạ dày...

Trong môi trường acid đậm đặc của dạ dày con người, vi khuẩn HP được coi là loài vi khuẩn duy nhất có khả năng tồn tại và phát triển được.

Mặc dù có khả năng sống mãnh liệt và phát triển mạnh trong dạ dày con người, nhưng ngoài môi trường tự nhiên, sức sống của chúng khá yếu ớt và thời gian sống ngắn.

Ngoài môi trường dạ dày, HP tồn tại trong khoang miệng, đường ruột, hốc xoang...

Vi khuẩn HP có khả năng tồn tại và phát triển mạnh ở ngay lớp giữa chất nhầy và niêm mạc dạ dày, bên cạnh đó chúng còn tự tạo ra chất đối kháng, tránh miễn dịch cơ thể.

Vi khuẩn HP còn được phát hiện ở các kênh rạch, ao hồ, thức ăn, phân, nguồn nước...

Trong môi trường tự nhiên, vi khuẩn HP tồn tại ở dạng xoắn khuẩn và khuẩn cầu. Vi khuẩn HP chỉ tồn tại trong nước được một vài giờ nếu ở dạng xoắn, còn ở dạng cầu vi khuẩn HP có thể tồn tại trong nước đến 1 năm.