Nơi sinh cư dần trở nên thiếu hụt và suy giảm chủ yếu là do những hoạt động của con người chính là nguyên nhân mất đi sự đa dạng động thực vật và gây nên những yếu tố tự nhiên, trong đó các hoạt động của con người có thể kể đến như chuyển đối đất sử dụng, đốt rừng làm rẫy hay khai thác thủy hải sản quá mức với xu hướng gia tăng từ đó cũng bùng phát dịch bệnh hay động đất và cả cháy rừng tự nhiên.

Mặc dù Việt Nam ta sở hữu nguồn đa dạng sinh học ở mức cao nhưng chính bởi những hoạt động khai thác quá mức được xem là nguyên nhân sự cạn kiện đặc biệt là đối với những tài nguyên thủy hải sản ven bờ, bên cạnh đó có tồn tại một số phương pháp khai thác và tận thu mang tính hủy diệt gây ảnh hưởng đến giống nòi của các loài sinh vật như nổ mìn hay sử dụng hóa chất.

Nguyên nhân này vẫn đang hàng ngày hàng giờ diễn ra và có chiều hướng gia tăng theo thời gian, nhiều nơi bị ô nhiễm và ảnh hưởng trực tiếp bởi khí thải công nghiệp, chính điều này vô hình chung làm ảnh hưởng đến môi trường sống của những sinh vật động vật, đặc biệt là với những chất thải đô thị.

Mặt khác điểm đáng chú ý hơn cả chính là ô nhiễm dầu lại xảy ra tập trung chủ yếu ở các vùng nước cửa sông ven bờ hay những hoạt động tàu thuyền lớn. Từ đó cũng là nguyên nhân chính dẫn đến ô nhiễm sinh học ảnh hưởng trực tiếp đến nguồn gen bản địa và nơi sinh sống của các loài sinh vật bao gồm thực vật và động vật.