- Nguyên nhân: Rơm rạ, tàn dư thực vật chưa phân hủy hoàn toàn. Thường là do nông dân sản xuất liên tục trên một thửa ruộng, rơm rạ của vụ trước bị vùi trong đất phân hủy trong điều kiện yếm khí đã phát sinh các  độc tố gây hại cho lúa, làm ảnh hưởng xấu đến quá trình hấp thu  dinh dưỡng của cây lúa. Ruộng chua, trũng nông dân ít bón vôi để cải tạo đất. Hoặc do bón phân NPK không cân đối đặc biệt bón thừa đạm.

- Triệu chứng: Ngay sau 15-30 ngày sau sạ, cấy cây lúa thường biểu hiện vàng đỏ, khô từ chóp lá lan dần xuống dưới, thân yếu ớt, lá thẳng đứng, cây còi cọc, đẻ nhánh kém. Rễ có mầu nâu đen, mùi hôi tanh, không có rễ trắng, rễ mới không phát sinh.

- Biện pháp khắc phục.

+ Thời vụ: Những ruộng chủ động về nguồn nước nên cày vùi dập gốc rạ và tàn dư thực vật sớm để rơm rạ có thời gian phân hủy, đồng thời có thể sử dụng chế phẩm có chứa Trichodermar phun ruộng trước khi cày vùi dập gốc rạ  sẽ giúp rơm, rạ mau phân hủy hơn.

+ Đối với ruộng lúa bị ngộ độc hữu cơ, bà con ngừng ngay việc bón phân đạm hoặc NPK tháo nước trong ruộng bằng cách đánh rãnh, rút nước để khô 2 - 3 ngày, kết hợp với làm cỏ sục bùn giúp rễ thoáng khí. Đưa nước vào ruộng với mực nước 3 - 5cm nhằm rửa bớt độc tố trong quá trình phân hủy rơm rạ tạo ra. Sau đó bón lân và phân chuồng hoai mục

* Lưu ý: Sau khi kiểm tra thấy cây lúa ra rễ trắng và ra lá mới,  sử dụng chất kích thích ra rễ, giúp thúc đẩy sự hồi phục và ra nhiều rễ mới. Khi cây lúa phát triển bình thường mới tiến hành bón thúc.

1. Ngộ độc phèn.

- Nguyên nhân: Trong điều kiện thời tiết nắng nóng kéo dài làm cho các tầng đất chứa yếu tố sinh phèn dễ bị oxy hóa, dẫn đến hiện tượng xì phèn gây ảnh hưởng đến sự sinh trưởng và phát triển của cây lúa vụ Mùa ở các vùng đất cát, tầng canh tác mỏng.

- Triệu chứng: Cây lúa có màu hơi vàng, lá già xuất hiện các đốm màu nâu, sau đó lá trở thành màu nâu, bầm tím, vàng hoặc cam. Trường hợp bị nhiễm độc nặng, tất cả các lá chuyển sang màu nâu, những lá già bị lụi rất nhanh, cây lúa suy yếu và chết dần, cây lúa thấp và đẻ nhánh rất kém. Nhổ rễ lên, thấy rễ có màu nâu đậm và xoắn lại làm cho cây lúa hấp thụ dinh dưỡng bị hạn chế, nên cây lúa chậm sinh trưởng. Nếu không khắc phục kịp thời, để kéo dài cây lúa sẽ suy yếu dần và chết.

- Biện pháp khắc phục:

+ Bước 1: Cho nước ngập vào ruộng  rồi tháo nước ra, đánh rãnh xung quanh ruộng để thoát hết nước, sau đó đưa nước mới vào ruộng (mực nước 3-5cm)

+ Bước 2: Bón phân lân (nên bón các loại phân lân nung chảy, lượng dùng từ 150 – 250 kg/ha) để hạ phèn.

+ Bước 3: Sử dụng phân bón qua lá bón cho lúa đủ sức hồi phục nhanh.

+ Bước 4: Sau 3 – 5 ngày kiểm tra khi nhổ cây lúa lên thấy ra rễ trắng là được (chứng tỏ cây lúa đã hồi phục).

+ Bước 5: Bón DAP lượng dùng 50 – 100kg/ha bón trực tiếp vào những diện tích bị phèn. Có thể dùng vôi để xử lý, nên bón vôi trước khi bón phân các đợt (bón vôi ngày hôm trước, hôm sau bón phân), khi bón ruộng phải có nước, lượng dùng từ 200 – 300kg/ha sẽ làm tăng hiệu quả của phân bón trên ruộng phèn nặng.