Có nhiều các loại vi khuẩn khác nhau. Một cách phân loại chúng là theo hình dạng: Hình cầu, hình que, hình xoắn, hình dấu phẩy (phẩy khuẩn), hình sợi....

• Cầu khuẩn là những vi khuẩn có hình cầu, nhưng cũng có thể là hình bầu dục hoặc ngọn nến, cầu khuẩn được gọi là cocci, có đường kính trung bình khoảng 1 μm. Cầu khuẩn được chia thành:
• Song cầu (Diplococci) là những cầu khuẩn đứng thành từng đôi như phế cầu (Streptococcus pneumoniae), lậu cầu (Neisseria gonorrhoeae).