• Nguyên nhân trực tiếp là những hậu quả của chiến tranh tại Đông Dương. Các cường quốc đang chiếm đóng Việt Nam như Pháp, Nhật Bản vì mục đích phục vụ chiến tranh đã lạm dụng và khai thác quá sức vào nông nghiệp vốn đã lạc hậu, đói kém gây nhiều tai họa ảnh hưởng đến sinh hoạt kinh tế của người Việt. Trong khi Nhật thu gom gạo để chở về nước thì Pháp dự trữ lương thực phòng khi quân Đồng minh chưa tới, phải đánh Nhật hoặc dùng cho cuộc tái xâm lược Việt Nam.[1] Những biến động quân sự và chính trị dồn dập xảy ra đã ảnh hưởng tiêu cực đến sản xuất lương thực miền Bắc vốn dĩ đã thiếu gạo nên càng bị đói.
• Nguyên nhân gián tiếp là những biện pháp quân sự hóa kinh tế nhằm phục vụ nhu cầu chiến tranh của chế độ thực dân Pháp tại Việt Nam, do tại nước Pháp khi đó đang có chiến tranh và cũng đang bị xâm chiếm. Sau đó Nhật Bản dùng vũ lực loại bỏ Phápchiếm đóng Việt Nam rồi thực hiện các biện pháp khác khốc liệt hơn nhằm mục đích khai thác phục vụ chiến tranh (bắt nông dân nhổ lúa trồng đay, buộc người dân bán lúa gạo với giá rẻ mạt để chuyển về Nhật).[cần dẫn nguồn]
• Nguyên nhân tự nhiên, thời tiết là yếu tố ảnh hưởng nghiêm trọng đến sản xuất lương thực tại miền Bắc. Thiên tai, lũ lụt, sâu bệnh gây mất mùa tại miền Bắc. Bệnh dịch tả lây lan nhanh và rộng khắp trong mùa lũ cũng góp phần làm tăng thêm nạn đói.
• Nhật cấm vận chuyển lúa từ miền Nam ra Bắc, cũng cấm luôn việc mở kho gạo cứu đói. Đồng Minh phá hủy các trục đường sắt từ Huế trở ra, phong tỏa đường biển khiến hàng hóa không lưu thông được.[1]

Sau vụ khủng hoảng kinh tế toàn cầu năm 1930, Pháp quay lại với chính sách bảo hộ mậu dịch và độc quyền khai thác Đông Dương theo đường lối thực dân. Toàn thể dân Đông Dương phải ra sức nâng cao giá trị kinh tế của khu vực, nhưng chỉ có người Pháp, một thiểu số rất ít người Việt và người Hoa gần gũi với Pháp hay một số dân chúng thành thị được hưởng lợi. Hậu quả là trước Đại chiến thế giới lần thứ hai, Việt Nam vẫn chỉ là một xứ lạc hậu và nghèo đói so với nhiều quốc gia châu Á khác. Hệ thống thuế nửa thực dân nửa phong kiến khiến cho các hộ nông dân phải bán gần hết lương thực có được để nộp thuế khiến đa số nông dân không còn lương thực dự trữ.

Khi Đại chiến thế giới bùng nổ, Pháp bị yếu thế. Tại Đông Á, Đế quốc Nhật Bản bắt đầu bành trướng và nhìn vào Đông Dương như đầu cầu tiến qua Nam Á và khống chế Trung Quốc. Giữa năm 1940, Pháp bị Đức chiếm và Nhật Bản gây áp lực với Pháp để tiến vào Đông Dương. Việt Nam bị cuốn vào nền kinh tế thời chiến, với việc Pháp và Nhật tranh giành quyền kiểm soát kinh tế. Người ta nói đến lý do là Nhật Bản bắt dân Việt Nam trồng đay thay trồng lúa gạo để phục vụ chiến tranh, nhưng thực ra Pháp đã tiến hành việc ấy từ trước, cụ thể là thu hẹp diện tích canh tác các hoa màu phụ như ngô, khoai, sắn, để trồng bông, đay, gai hay cây kỹ nghệ. Sản lượng lúa gạo và hoa màu quy ra thóc tại miền Bắc giảm xuống rất mạnh do diện tích canh tác bị thu hẹp. Theo thống kê, năm 1940, diện tích trồng đay là 5.000 ha nhưng đến năm 1944 đã tăng lên 45.000 ha.[1]