Trong đường đường ruột của mỗi người có chứa các vi khuẩn có lợi và vi khuẩn có hại. Bình thường các loại vi khuẩn này chung sống hòa bình với nhau tạo nên một hệ vi sinh cân bằng (85% lợi khuẩn và 15% hại khuẩn) giúp đường ruột luôn khỏe mạnh. Tuy nhiên, điều này có thể thay đổi đáng kể khi một người bắt đầu điều trị bằng thuốc kháng sinh. Thuốc kháng sinh có tác dụng diệt khuẩn hoặc kìm khuẩn tùy theo cơ chế tác dụng của mỗi loại thuốc. Khi vào cơ thể, thuốc kháng sinh sẽ tiêu diệt tất cả các loại vi khuẩn có chung một số đặc điểm nhất định, mà không phân biệt đó là đó là vi khuẩn có lợi hay có hại.

Khi các vi khuẩn có lợi bị tiêu diệt, những lợi ích liên quan đến việc tiêu hóa thức ăn, tăng cường hấp thu, tăng cường miễn dịch hay ổn định đường tiêu hóa sẽ bị giảm sút hoặc mất đi. Từ đó gây ra tình trạng rối loạn tiêu hóa với những triệu chứng điển hình như là tiêu chảy, táo bón, đầy hơi, chướng bụng, phân sống,...