Trong sinh học, một hệ cơ quan (hay hệ sinh học) là một nhóm các cơ quan hoạt động cùng nhau để thực hiện một chức năng nhất định. Các hệ phổ biến có thể thấy trong giải phẫu người cũng như động vật có vú và các động vật khác là những hệ như hệ tuần hoàn, hệ hô hấp, hệ thần kinh,..