Khi một ai đó bị ốm sốt, mọi người thường nghĩ ngay tới tình trạng nhiễm trùng do vi khuẩn hoặc vi rút. Bởi vì các bệnh do vi khuẩn hay vi rút xảy ra rất phổ biến, gặp ở mọi lứa tuổi và biểu hiện các mức độ khác nhau từ nhẹ, thậm chí không có biểu hiện đến biểu hiện rất nặng. Mặc dù chúng ta đã nghe không ít về vi khuẩn và vi rút, tuy nhiên trên thực tế chúng đều không thể quan sát được bằng mắt thường, do vậy không dễ để hiểu tường tận về vi khuẩn và vi rút. Vấn đề quan trọng là cần nắm được những điểm khác biệt cơ bản giữa vi khuẩn và vi rút.

Vi khuẩn có thể phát hiện được trong các cơ thể sống và bên ngoài môi trường. Chúng là các vi sinh vật sống được biết đến với các tên: sinh vật nhân sơ, sinh vật đơn bào. Vi khuẩn là nhóm sinh vật đơn bào không có nhân chiếm số lượng đông đảo nhất trong sinh giới. Chúng có nhiều hình dạng khác nhau, hình que, hình cầu, hình xoắn, một số còn có lôi roi giống như chiếc đuôi giúp chúng di chuyển. Đa phần mọi người sẽ cho rằng sự hiện diện của vi khuẩn là mối hại cho con người, như việc chúng gây ra đủ thứ bệnh tật, ung nhọt, nhiễm trùng vết thương, vết mổ, vân vân. Nhưng thực tế chúng đem lại rất nhiều lợi ích cho sức khỏe và môi trường sống của con người. Có hàng trăm loại vi khuẩn có lợi khác nhau sống trong đường ruột của chúng ta. Chúng giúp tiêu hóa thức ăn, ngăn ngừa các bệnh về đường ruột, và còn đóng vai trò miễn dịch. Vi khuẩn ở đại tràng còn giúp tổng hợp vitamin K nữa. Các vi khuẩn trong môi trường giúp đất đai màu mỡ hơn, giúp tạo nên các loại phân bón vi sinh để cải tạo đất.
Vi rút là các tiểu phần không có cấu trúc tế bào. Chúng gồm các chuỗi đơn hoặc chuỗi kép acid nucleic và một vỏ protein bao quanh vật liệu di truyền là AND (axit deoxyribonucleic) hoặc ARN(axit ribonucleic). Chúng phải sống trong tế bào của các cơ thể sống như người, động vật, hay thực vật. Các cơ thể này là các vật chủ giúp chúng nhân lên và sống sót. Hiện nay vẫn còn các tranh cãi trong cộng đồng khoa học về việc liệu vi rút có phải là một tổ chức sống hiện hữu hay không. Những người tán thành xem nó là một dạng sống đơn giản nhất mà con người biết tới. Chúng chủ yếu liên quan đến các bệnh tật, đặc biệt là các bệnh truyền nhiễm nguy hiểm như ebola, MERS-CoV, cúm, sốt xuất huyết, vân vân.

Có một số khác biệt cơ bản giữa vi khuẩn và vi rút mà chúng ta cần nắm được. Kích thước của vi rút nhỏ hơn vi khuẩn từ 10 đến 100 lần. Không giống như vi rút chỉ được coi là các cấu trúc hữu cơ thông qua tương tác với các cơ thể sống khác để sống sót và nhân lên, vi khuẩn là các tổ chức sống có khả năng sinh sản thông qua quá trình sinh sản vô tính còn gọi là sinh sản phân đôi. Trong khi vi rút chỉ có vỏ protein, không có vách tế bào hay ribosom, còn vi khuẩn có ribosom và vách cứng tạo thành bởi peptidoglycan. Trong khi ARN và ADN của vi rút được bao trong vỏ protein, thì vật liệu di truyền của vi khuẩn lại trôi nổi trong bào tương. Bào tương của vi khuẩn được tạo thành bởi các enzyme, các chất dinh dưỡng, chất thải, và khí được bao trong vách tế bào và màng tế bào.
Các vi khuẩn có thể đem đến lợi ích, còn các vi rút nhìn chung không có lợi ích gì; một số được sử dụng trong lĩnh vực công nghệ gen. Ngoài ra, một số nghiên cứu được tiến hành đã chỉ ra rằng có một loại vi rút đặc biệt có thể được sử dụng để phá hủy các khối u trong não. Mặc dù cả vi rút và vi khuẩn đều gây bệnh, tuy nhiên nhiễm trùng do vi khuẩn đa phần là nhiễm trùng khu trú tại một hay một vài vị trí trên cơ thể, trong khi vi rút thường gây nhiễm trùng toàn thân. Các bệnh gây ra do vi khuẩn phần lớn có thể điều trị được bằng kháng sinh. Tuy nhiên kháng sinh lại chẳng diệt được vi rút hay giúp ích gì trong điều trị các bệnh do vi rút. Các thuốc kháng vi rút thường dùng để điều trị một bệnh cụ thể do vi rút và chỉ giúp làm giảm quá trình nhân lên của vi rút. Một số bệnh do vi rút có thể ngăn ngừa bằng vắc xin.