Cũng như ở nhiều truyện ngắn thành công khác của mình, Nguyễn Minh Châu đã sáng tạo một tình huống đặc biệt trong Bến quê để đặt nhân vật vào đó mà soi rọi vào thế giới bên trong của họ, làm bật lên vấn đề tư tưởng của truyện. Tình thế (theo cách gọi của Nguyễn Minh Châu) hay tình huống trong Bến quê là một hoàn cảnh đầy vẻ nghịch lí. Nhân vật chính của truyện - anh Nhĩ - từng đi khắp mọi nơi trên Trái đất, về cuối đời lại bị cột chặt vào giường bệnh bởi một căn bệnh hiểm nghèo đến nỗi không thể tự mình dịch chuyển lấy vài mươi phần trên chiếc phản hẹp kê bên cửa sổ.
Nhưng cũng chính vào một buổi sáng trong những ngày cuối đời mình, từ cửa sổ căn gác, Nhĩ đã nhận ra được ở vùng đất bãi bồi bên kia sông, nơi bến quê quen thuộc, một vẻ đẹp binh dị mà hết sức quyến rũ.
Vào cái buổi sáng đầu thu ấy, từ trên chiếc phản hẹp kê bên cửa sổ căn gác nhà mình, Nhĩ đã gặp nơi không gian ngoài kia những vật quen thuộc lại được hiện ra trong những màu sắc và vẻ đẹp lần đầu anh được thấy. Những bông hoa bằng lăng thưa thớt cuối mùa như tím thêm hơn. Tiết trời đầu thu đem đến cho con sông Hồng lúc này đang phô ra trước khuôn cửa sổ của gian gác nhà Nhĩ một thứ màu vàng thau xen lẫn vào màu xanh non những màu sắc thân thuộc quá như da thịt, hơi thở của đất màu mỡ. Cảnh bãi bồi bên kia sông, một không gian gần gũi và quen thuộc vẫn hiện ra phía trước cửa sổ nhà Nhĩ, nhưng anh lại chưa một lần đặt chân đến, dù suốt đời Nhĩ đã từng đi tới không sót một xó xỉnh nào trên Trái đất. Bởi thế, cái bờ bên kia sông Hồng đối với Nhĩ là một chân trời gần gũi mà xa lắc.
Cũng trong những ngày này, khi nằm liệt giường, nhận sự chăm sóc đến từng miếng ăn, ngụm nước của người vợ, Nhĩ mới cảm thấy hết nỗi vất vả của vợ, sự tần tảo, tình yêu và đức hi sinh thầm lặng của vợ mình. Cũng như nhiều nhân vật phụ nữ khác của Nguyễn Minh Châu, Liên - người vợ của Nhĩ - là hiện thân của vẻ đẹp tâm hồn, lòng vị tha và đức hi sinh thầm lặng, khiêm nhường. Những cử chỉ dịu dàng chăm sóc tỉ mỉ, ân cần, những lời động viên và sự thấu hiểu tâm trạng của chồng, rồi tấm áo vá và những bước chân đi rất nhẹ trên bậc cầu thang gỗ đã mòn lõm - bấy nhiêu chi tiết ấy đã đủ nói lên nhân vật Liên, dù chỉ hiện ra chốc lát ở phần đầu của truyện, cũng để lại cho người đọc về một hình tượng đẹp, giản dị mà sâu xa. Sau bao năm tháng bôn tẩu, mà cuộc đời dành cho những chuyến đi khắp chân trời, đến lúc này, ở những ngày cuối đời mình, Nhĩ mới thấy và hiểu được nơi bến đậu bình yên, điểm tựa cho cuộc đời anh chính là gia đình, là người vợ suốt đời tảo tần, thầm lặng. Nhĩ nói với Liên bằng cả lòng biết ơn xen lẫn niềm ân hận: Suốt đời anh chỉ làm em khổ tâm... mà em vẫn nín thinh. Và Liên đã trả lời: có hề sao đâu... miễn là anh sống, luôn luôn có mặt anh, tiếng nói của anh trong gian nhà này...
Trong cái buổi sáng có lẽ cuối cùng cua cuộc đời mình, Nhĩ vô cùng khao khát được một lần đặt chân lên bờ bãi bên kia sông, cái miền đất thật gần gũi nhưng đã trở nên rất xa lạ với anh. Điều ước muốn ấy chính là sự thức tỉnh về những giá trị bền vững, bình thường và sâu xa của cuộc sống — những giá trị thường bị người ta bỏ quên, nhất là lúc còn trẻ, khi những ham muốn xa vời đang lôi cuốn con người tìm đến. Sự thức nhận này chỉ đến khi người ta đến độ đã từng trải, với Nhĩ là cuối đời, khi phải nằm liệt trên giường bệnh. Đấy lại là một nghịch lí trớ trêu của cuộc đời: Khi nhận ra được những giá trị đích thực và giản dị của đời sống, thì người ta lại không còn thời gian và khả năng có thể đạt tới được. Bởi thế, ở Nhĩ sự thức tỉnh có xen với niềm ân hận và nỗi xót xa. Không thể nào làm được cái điều mình khao khát, Nhĩ đã nhờ đứa con trai thay mình đi sang bên kia sông, đặt chân lên bãi phù sa màu mỡ. Nhưng ở đây anh đã gặp một nghịch lí nữa: đứa con không hiểu được ước muốn của cha, nên làm một cách miễn cưỡng và bị cuốn hút vào những trò chơi hấp dẫn nó gặp trên đường đi, để rồi cứ thế lỡ chuyến đò sang ngang duy nhất trong ngày. Từ sự việc ấy, Nhĩ đã nghiệm ra được cái quy luật phổ biến của đời người: Con người ta đi trên đường đời thật khó tránh khỏi những cái điều vòng vèo hoặc chùng chình. Anh không trách đứa con trai bởi vì: Nó đã thấy có gì đáng hấp dẫn ở bên kia sông đâu? Họa chăng chỉ có anh đã từng trải, đã từng in gót chân khắp mọi chân trời xa lạ mới nhìn thấy hết sự giàu có lẫn mọi vẻ đẹp của một cái bãi bồi sông Hồng ngay bên kia, cả trong những nét tiêu sơ, và cái điều riêng anh khám phá thấy giống như một niềm mê say pha lẫn với nỗi ân hận đau đớn, lời lẽ sẽ không bao giờ giải thích hết.
Ở đoạn kết, khi thấy con đò ngang vừa chạm mũi vào bờ đất bên này sông, Nhĩ đã làm một cử chỉ có vẻ kì quặc, nhưng với anh là điều vô cùng hệ trọng và khẩn cấp: Anh đang cố thu nhặt hết mọi chút sức lực cuối cùng còn sót lại để đu mình nhô người ra ngoài giơ một cánh tay gầy guộc ra phía ngoài cửa sổ khoát khoát, y như đang khẩn thiết ra hiệu cho một người nào đó. Hành động cuối cùng này của Nhĩ có thể hiểu anh đang nôn nóng thúc giục cậu con trai hãy mau kẻo lỡ chuyến đò duy nhất trong ngày. Những hình ảnh này còn gợi ra một ý nghĩa khái quát hơn. Đó là ý thức muốn thức tỉnh mọi người về cái vòng vèo, chùng chình mà chúng ta đang sa vào trên đường đời, để dứt ra khỏi nó, để hướng tới những giá trị đích thực, vốn rất giản dị, gần gũi và bền vững.