Sự khác nhau chính giữa hệ điều hành với một phần mềm ứng dụng: Hệ điều hành là các chương trình tổ chức việc quản lí, điều phối các bộ phận chức năng của máy tính sao cho chúng hoạt động một cách nhịp nhàng và chính xác. Còn phần mềm ứng dụng là chương trình đáp ứng những yêu cầu ứng dụng cụ thể.
Ví dụ, Microsoft Word, Microsoft Excel… Hệ điều hành là môi trường làm việc cho các phần mềm ứng dụng. Không có hệ điều hành thì các phần mềm ứng dụng không thể hoạt động được.