Theo một bản gia phả của dòng họ Nguyễn ở làng Nghi Xuân, Nguyễn Du sinh ngày 23 tháng 11 năm Ất Dậu (tức ngày 3 tháng 1 năm1766) tại phường Bích Câu, Thăng Long. Cha là Nguyễn Nghiễm (1708 - 1775), sinh ở làng Tiên Điền, huyện Nghi Xuân, Hà Tĩnh, tên tự Hy Tư, hiệu Nghị Hiên, có biệt hiệu là Hồng Ngự cư sĩ đậu Nhị giáp tiến sĩ, làm quan đến chức Đại tư đồ (Tể tướng), tước Xuân Quận công. Mẹ là bà Trần Thị Tần (24 tháng 8 năm 1740 - 27 tháng 8 năm 1778), con gái một người làm chức câu kế. Bà Tần quê ở làng Hoa Thiều, xã Minh Đạo, huyện Tiên Du (Đông Ngàn), xứ Kinh Bắc, nay thuộc tỉnh Bắc Ninh. Bà Tần là vợ thứ ba của Nguyễn Nghiễm (kém chồng 32 tuổi sinh được năm con, bốn trai và một gái).
Tổ tiên của Nguyễn Du có nguồn gốc từ làng Canh Hoạch, huyện Thanh Oai, trấn Sơn Nam(nay thuộc Hà Nội), sau di cư vào Hà Tĩnh, có truyền thống khoa hoạn nổi danh ở làng Tiên Điền về thời Lê mạt. Trước ông, sáu bảy thế hệ viễn tổ đã từng đỗ đạt làm quan.
Năm Đinh Hợi (1767), khi Nguyễn Du mới một tuổi, Nguyễn Nghiễm được thăng Thái tử Thái bảo, hàm tòng nhất phẩm, tước Xuân Quận công nên Nguyễn Du thời đó sống trong giàu sang phú quý.
Năm Giáp Ngọ (1774), cha Nguyễn Du sung chức tể tướng, cùng Hoàng Ngũ Phúc đi đánh chúa Nguyễn ở Đàng Trong. Từ thời gian này Nguyễn Du chịu nhiều mất mát liền kề. Cụ thể, vào năm Ất Mùi 1775, anh trai Nguyễn Trụ (sinh năm 1757 qua đời). Năm Bính Thân1776 thân phụ ông mất. Năm Mậu Tuất 1778thân mẫu Nguyễn Du là bà Trần Thị Tần cũng tạ thế. Cũng trong năm này, anh thứ hai của Nguyễn Du là Nguyễn Điều (sinh năm 1745) được bổ làm Trấn thủ Hưng Hóa. Mới 13 tuổi, Nguyễn Du mồ côi cả cha lẫn mẹ nên ông phải ở với người anh khác mẹ là Nguyễn Khản (hơn ông 31 tuổi)
Năm Canh Tý (1780), Nguyễn Khản là anh cả của Nguyễn Du đang làm Trấn thủ Sơn Tây bị khép tội mưu loạn trong Vụ án năm Canh Tý, bị bãi chức và bị giam ở nhà Châu Quận công. Lúc này Nguyễn Du được một người thân của Nguyễn Nghiễm là Đoàn Nguyễn Tuấn đón vềSơn Nam Hạ nuôi ăn học.
Năm Nhâm Dần (1782), Trịnh Sâm mất, Kiêu binh phế Trịnh Cán, lập Trịnh Tông lên ngôi chúa. Hai anh của Nguyễn Du là Nguyễn Khản được làm Thượng thư bộ Lại, tước Toản Quận công, Nguyễn Điều làm Trấn thủ Sơn Tây.
Năm Quý Mão (1783) Nguyễn Du thi Hương ở trường Sơn Nam, đậu Tam trường (Sinh đồ). Ông lấy vợ là con gái Đoàn Nguyễn Thục và ông được tập ấm chức Chánh thủ hiệu hiệu quân Hùng hậu của cha nuôi họ Hà ở Thái Nguyên. Cũng trong năm này anh cùng mẹ của Nguyễn Du là Nguyễn Đề (sinh 1761) đỗGiải nguyên khoa thi Hương ở điện Phụng Thiên, và Nguyễn Khản đầu năm thăng chức Thiếu Bảo, cuối năm thăng chức Tham tụng.
Năm Giáp Thìn Tháng 2 năm (1784), kiêu binh nổi dậy đưa hoàng tôn Lê Duy Kỳ lên làm thái tử. Tư dinh của Nguyễn Khản ở phường Bích Câu, Thăng Long bị phá, Nguyễn Khản phải trốn lên ở với em là Nguyễn Điều đang là trấn thủ Sơn Tây. Đến năm 1786 thì Nguyễn Khản bị mắc bệnh rồi chết ở Thăng Long.
Năm Kỷ Hợi (1789) Nguyễn Huệ đại phá quân Thanh. Đoàn Nguyễn Tuấn hợp tác với Tây Sơn, giữ chức Thị lang bộ Lại. Lúc này Nguyễn Du về ở quê vợ (Quỳnh Côi, Thái Bình).
Tháng mười, năm Tân Hợi (1791), anh thứ tư cùng cha khác mẹ với Nguyễn Du là Nguyễn Quýnh do chống Tây Sơn nên bị bắt và bị giết, dinh cơ họ Nguyễn ở Tiên Điền Hà Tĩnh bị Tây Sơn phá hủy.
Năm Quý Sửu (1793), Nguyễn Du về thăm quê Tiên Điền và đến cuối năm ông vào kinh đô Phú Xuân thăm anh là Nguyễn Đề đang làm thái sử ở viện cơ mật và anh vợ là Đoàn Nguyễn Tuấn.
Năm Giáp Dần (1794), Nguyễn Đề được thăng Tả phụng nghi bộ Binh và vào Quy Nhơn giữ chức Hiệp tán nhung vụ. Đến năm 1795Nguyễn Đề đi sứ sang Yên Kinh dự lễ nhường ngôi của vua Càn Long nhà Thanh, đến năm1796 trở về được thăng chức Tả đồng nghị Trung thư sảnh.
Mùa đông năm Bính Thìn (1796), Nguyễn Du trốn vào Gia Định theo chúa Nguyễn Ánhnhưng bị Quận công Nguyễn Thận bắt giam ba tháng ở Nghệ An. sau khi được tha ông về sống ở Tiên Điền. Trong thời gian bị giam ông có làm thơ My trung mạn hứng (Cảm hứng trong tù)
Mùa thu năm Nhâm Tuất (1802), Vua Gia Long diệt nhà Tây Sơn. Nguyễn Du ra làm quan Tri huyện Phù Dung, phủ Khoái Châu, trấn Sơn Nam (nay thuộc tỉnh Hưng Yên). Mấy tháng sau thăng tri phủ Thường Tín, trấn Sơn Nam Thượng (nay thuộc Hà Nội).
Năm Quý Hợi (1803), Nguyễn Du được cử lênải Nam Quan tiếp sứ nhà Thanh sang phong sắc cho vua Gia Long.
Năm Ất Sửu (1805) ông được thăng Đông các đại học sĩ (hàm Ngũ phẩm), tước Du Đức hầu và vào nhậm chức ở kinh đô Phú Xuân. NămĐinh Mão (1807) được cử làm giám khảo kỳthi Hương ở Hải Dương. Mùa thu năm Mậu Thìn (1808), ông xin về quê nghỉ.
Năm Kỷ Tỵ (1809) ông được bổ chức Cai bạ (hàm Tứ phẩm) ở Quảng Bình
Năm Quý Dậu (1813) ông được thăng Cần chánh điện học sĩ (hàm Chính tam phẩm) và được cử làm chánh sứ sang nhà Thanh. Năm1814 ông đi sứ về, được thăng Hữu tham tri bộ Lễ (hàm Tòng nhị phẩm).
Năm Bính Tý (1816), anh rể Nguyễn Du là Vũ Trinh vì liên quan đến vụ án cha con Tổng trấnNguyễn Văn Thành nên bị đày vào Quảng Nam.
Năm (Canh Thìn) 1820 Gia Long qua đời Minh Mạng nối ngôi. Lúc này Nguyễn Du được cử đi làm chánh sứ sang nhà Thanh báo tang và cầu phong nhưng ông bị bệnh dịch chết ngày mồng 10 tháng 8 âm lịch (16 tháng 9 nămCanh Thìn (1820) lúc 54 tuổi.
Năm Giáp Thân (1824), di cốt của ông được cải táng về quê nhà là làng Tiên Điền, Hà Tĩnh
Đại Nam thực lục chép về Nguyễn Du: Du là người Nghệ An, học rộng giỏi thơ, càng giỏi về Quốc ngữ. Nhưng là người nhút nhát, mỗi khi ra mắt vua thì sợ sệt không hay nói gì. Đại Nam liệt truyện chép: Du là người ngạo nghễ tự phụ, mà bề ngoài tõ ra kính cẩn, mỗi khi vào yết kiến, sợ hãi như không nói được. Người đời sau, như ý kiến của các ông Trịnh Vân Định, Trần Nho Thìn cho đó là một cách khéo léo để giữ toàn mạng và thăng tiến trong thời loạn, mặc dù trong văn thơ của Nguyễn Du thường đề cao những anh hùng thời loạn, nhưng ông chọn cách sống khác, cống hiến nhưng "ẩn dật" trong chốn