Như thời Lê - Trịnh những quyền lực tập trung vào tay chúa Trịnh, vua Lê chỉ là bù nhìn.
Ở Trung ương hình thành hai bộ phận : triều đình và phủ chúa. Triều đình đứng đầu là vua Lê được tổ chức như cũ nhưng quyền hành bị thu hẹp. Phủ chúa gồm một số quan văn, quan võ cao cấp chuyên cùng chúa bàn bạc, quyết định các chủ trương, chính sách lớn của nhà nước và trực tiếp chỉ đạo việc thực hiện. Về sau, chúa Trịnh đặt thêm 6 phiên, chỉ đạo hoạt động của các bộ.