Từ cuối thế kỉ XVI, nhà nước phong kiến Nam triều chuyển về Thăng Long, được xây dựng lại hoàn chỉnh với danh nghĩa thống trị toàn bộ đất nước, do vua Lê đứng đầu. Tuv nhiên, quyền hành của vua Lê không còn như trước, thậm chí bị thu hẹp đến mức chỉ còn là danh nghĩa. Mọi quyền hành đều nầm trong tay người tổng chỉ huy quân đội họ Trịnh, về sau được phong vương (nhân dân quen gọi là chúa).
Ở Trung ương hình thành hai bộ phận : triều đình và phủ chúa. Triều đình đứng đầu là vua Lê được tổ chức như cũ nhưng quyền hành bị thu hẹp. Phủ chúa gồm một số quan văn, quan võ cao cấp chuyên cùng chúa bàn bạc, quyết định các chủ trương, chính sách lớn của nhà nước và trực tiếp chỉ đạo việc thực hiện. Về sau, chúa Trịnh đặt thêm 6 phiên, chỉ đạo hoạt động của các bộ.
Đàng Ngoài được chia thành 12 trấn, có Trấn thủ đứng đầu, làm việc với sự giúp đỡ của hai ti. Dưới trấn là phủ, huyện, châu, xã như cũ.
Nhà nước Lê - Trịnh tiếp tục chính sách tuyển chọn quan lại như thời Lê sơ. Bộ Quốc triều hình luật thời Hồng Đức vẫn tiếp tục được sử dụng với ít nhiều bổ sung.
Quân đội được tổ chức chật chẽ, bao gồm một đội quân thường trực, được tuyển chủ yếu từ 3 phủ của Thanh Hoá và một số huyện của Nghệ An, gọi là quân Tam phủ. Đạo quân này được cấp nhiều ruộng đất và có khá nhiều ưu đãi nên còn gọi là ưu binh. Ngoài ra, còn có ngoại binh được tuyển từ 4 trấn xung quanh kinh thành.