Trong lúc tiến hành xâm lược nước ta, quân Minh đã không tiếc lời dụ dỗ nhân dân. Bảng văn tuyên truyền mà Trương Phụ cho người phân phát khắp nơi có những dòng nghe thật hợp với chính nghĩa: “Chờ đến ngày cha con giặc Lê [chỉ Hồ Quý Ly và các con] bị bắt, sẽ họp quan viên, tướng lại và kỹ lão trong nước, tìm con cháu họ Trần lập làm Quốc vương để rửa nỗi oan ức cho u hồn dưới suối vàng, cứu dân trong nước khỏi cơn cực khổ …”(theo An Nam chí nguyên, Cao Trùng Hưng).
Những lời lẽ đó đã lung lạc không ít người cả tin trong nước, khiến cho tay gươm buông lỏng, để cho quân xâm lược có được lợi thế. Họ không hay biết rằng, đằng sau những lời chính nghĩa là cả một âm mưu hủy diệt dân tộc của vua tôi nước Minh. Thực tế, ngay trước khi xuất quân thì Minh Thành Tổ Chu Đệ đã ra lệnh cho các tướng: “Khi tiến quân vào An Nam thì chỉ trừ những bản kinh và sách về Đạo, Thích không hủy. Còn tất cả những bản in sách, các giấy tờ cho đến sách học trẻ con như loại “thượng, đại, nhân, khẩu, ất, kỷ” thì nhất thiết một mảnh giấy, một chữ đều phải thiêu hủy hết. Trong nước ấy, chỉ có những bia do Trung Quốc dựng lên ngày trước thì để lại. Còn những bia do An Nam lập ra thì phải phá cho hết, một chữ cũng không được để lại”. Nhìn mệnh lệnh của Chu Đệ có thể thấy, việc xóa sổ nước ta là một âm mưu trước sau rất rõ ràng và nhất quán của giặc Minh, với trọng tâm xuyên suốt được Chu Đệ xác định là hủy diệt văn hóa, cắt đứt sợi dây liên kết giữa các thế hệ người Việt, biến dân ta thành một giống dân không văn hóa, không lịch sử, không bản sắc. Khi đó, kẻ đô hộ có thể dễ dàng hơn trong việc đồng hóa nhân dân nước ta.
Để thực hiện âm mưu của mình, Trương Phụ ngay sau khi chiếm quyền kiểm soát Đông Đô và các vùng phụ cận liền lập tức dựng lên một màn kịch hợp thức hóa việc xóa sổ nước Việt. Đầu tiên Trương Phụ vẫn cho phao tin tìm con cháu họ Trần ra làm vua. Kế đến, bọn phản quốc đứng đầu là Mạc Thúy được giặc giật dây mạo xưng là “quan lại và kỳ lão” nước ta nhiều lần khai rằng: “Họ Trần không còn người nào có thể thừa kế được. An Nam nguyên trước là Giao Châu, xin khôi phục lại chế độ quận huyện, cho dân được đổi mới”. Trương Phụ theo lời đó tâu về triều, Chu Đệ lập tức đổi nước ta thành quận Giao Chỉ, trực thuộc nước Minh. Tên nước Đại Việt bị xóa bỏ, nhân dân bấy giờ nhìn rõ hơn bao giờ hết nỗi đau mất nước và bộ mặt giả nhân giả nghĩa của giặc.
Mọi việc không chỉ dừng lại ở đó. Mặc dù tiếng là người chung một nước với quân Minh, thực chất kẻ đô hộ chỉ coi dân ta là những “dân hạng hai”. Trong các văn bản, lời nói vẫn nhiều lúc gọi người Việt là “người Di”, “người Man”. Về các chính sách cai trị, người ở quận Giao Chỉ thuộc Minh đều phải chịu sự phân biệt với những dân mà Minh triều coi là “trong vòng thanh giáo”.
Về tổ chức chính quyền cai trị, giặc Minh bãi bỏ mô hình hành chính cũ của nước ta và thay thế bằng mô hình hành chính của “chính quốc”. Đứng đầu bộ máy cai trị quận Giao Chỉ là ba ti gồm Đô ti phụ trách quân sự, Bố chính ti phụ trách dân sự và tài chính, Án sát ti phụ trách tư pháp và giám sát. Chúng lại chia “quận Giao Chỉ” thành 15 phủ, 36 châu, 118 huyện. Ngoài ra còn có 5 châu trực thuộc quận. Ở các làng xã nông thôn, giặc Minh chia làm các lí và giáp. Mỗi lí gồm 110 hộ, mỗi giáp gồm 10 hộ. Ở kinh thành làng xã chia thành phường và sương với số hộ tương đương với các lí, giáp tại nông thôn. Giặc Minh cố gắng can thiệp vào hệ thống làng xã truyền thống của người Việt. Nhưng đó chỉ là trên lý thuyết của chúng. Trên thực tế quân Minh chưa bao giờ kiểm soát được toàn bộ lãnh thổ nước ta. Ngay trong các vùng giặc kiểm soát, tính tự trị của làng xã vẫn rất lớn. Điểm nổi bật nhất trong việc tổ chức cai trị là việc quân sự hóa một cách cao độ. Trên toàn cõi nước ta, quân Minh xây dựng một hệ thống đồn lũy, thành trì dày đặc. Có đến 39 thành trì lớn, với số quân thường trực khoảng 10 vạn quân (chưa kể ngụy binh) được duy trì để sẵn sàng đán áp các sự phản kháng của nhân dân ta.
Ngay từ lúc tiến đánh nước Đại Ngu thì quân Minh đã thẳng tay vơ vét, cướp bóc của cải. Số “chiến lợi phẩm” mà Trương Phụ báo về Minh triều gồm 235.000 voi, ngựa, trâu bò, 13.600.000 thạch thóc, 8.670 chiến thuyền, 2.539.800 đồ quân khí. Những con số khổng lồ đó cũng là minh chứng cho việc cướp bóc một cách tàn nhẫn của giặc. Sau đợt cướp bóc đó là sự vơ vét bằng các loại thuế muối, thuế khai mỏ, thuế đinh, thuế ruộng… Nhân dân còn bị bắt phu để khai thác vàng, bạc, mò ngọc trai, tìm lâm sản… Chẳng những bóc lột của cải vật chất, nước Minh còn bắt rất nhiều người Việt làm nô lệ cho chúng. Rất nhiều người bao gồm thợ thủ công, nhạc công, thầy thuốc, phụ nữ, trẻ em… đã bị bắt về nước Minh phục dịch suốt đời cho triều đình, quan lại người Minh. Tàn ác hơn cả là chúng đã tìm bắt những bé trai tuấn tú lúc còn rất nhỏ để đem về nước thiến hoạn, rồi giáo dục các bé trai đó trở thành nô bộc suốt đời trong cung cấm Minh triều, không chút ý niệm về sự phản kháng.
Để thực hiện chính sách “dùng người Di trị người Di”, giặc Minh lôi kéo những trí thức, quý tộc người Việt làm tay sai cho chúng. Người Minh đem người trẻ con người Việt gọi là “Giao Đồng” về nước dạy dỗ để chúng trở thành những kẻ vong bản, rồi lại phái về nước làm ngụy quan. Thanh niên trai tráng người Việt được chiêu mộ hoặc cưỡng ép tòng quân. Số lượng ngụy quan, ngụy quân thời thuộc Minh rất đông đảo. Giặc Minh dùng chính những người này để kìm kẹp nhân dân, đàn áp các lực lượng chống lại chúng, đồng thời cũng là cách để chia rẽ người Việt với nhau, khiến cho dân ta không đoàn kết lại. Với những người mà giặc Minh không lung lạc được, chúng tìm cách giam lỏng, bắt bớ, giết hại.
Nhất quán và xuyên suốt hơn cả là chính sách hủy diệt văn minh, đồng hóa dân tộc của giặc Minh. Các sách vở, văn bia bị phá hủy không thương tiếc. Một số sách bị thu gom về nước Minh. Các công trình kiến trúc đã xây dựng xuyên suốt mấy trăm năm của người Việt phút chốc tan tành trước sự tàn phá của quân giặc. An Nam Tứ Đại Khí bao gồm vạc Phổ Minh, chuông Quy Điền, tháp Báo Thiên, tượng phật Quỳnh Lâm là những báu vật bằng đồng quý giá, biểu trưng cho văn minh Đại Việt lần lượt bị quân Minh phá hủy. Các phong tục, tập quán của người Việt đều bị coi là “Man tục”. Quân Minh cấm người nước ta không được nhuộm răng đen, nam không được cắt tóc, nữ không được mặc váy… Mọi nghi lễ, chuẩn mực đều phải theo người nước Minh. Những người chống đối lại bị tàn sát không thương tiếc. Sách Cương Mục nhà Nguyễn viết về sự tàn bạo của quân Minh: “… đi đến đâu chém giết thả cửa, hoặc xếp thây người làm quả núi, hoặc bồn ruột người quấn vào cây, hoặc rán thịt người lấy mỡ, hoặc làm nhục hình bào lạc để mua vui. Thậm chí có người theo lệnh giặc, mổ bụng người chửa, cắt lấy hai tai của mẹ và con để dâng cho giặc… ”
Tộc ác của quân Minh không sao kể cho hết được. Đúng như lời Nguyễn Trãi trong Bình Ngô Đại Cáo:
Độc ác thay, trúc Nam Sơn không ghi hết tội
Dơ bẩn thay, nước Đông Hải không rửa hết mùi
Trước đây, khi quân Minh tiến vào nước ta nhiều tầng lớp nhân dân vẫn mù mờ về dã tâm của giặc. Đến khi nước Minh áp đặt được chế độ trực trị, tội ác đã quá rõ ràng, người người bèn rủ nhau chống lại. Trong dân gian có lời nguyền :
“Muốn sống đi ẩn rừng ẩn núi
Muốn chết làm quan triều Minh”
Rõ ràng những chính sách chiêu an giả tạo của người Minh đã không lừa dối được đại đa số nhân dân nữa, khi mà hành tung của chúng luôn đi ngược với những lời nói nhân nghĩa. Ngay lúc nhà Hồ sụp đổ, các cuộc khởi nghĩa đã manh nha nổ ra khắp đất nước.