1. Phân Hóa Học làm cho cây trồng bộc phát mạnh mẽ nhưng không duy trì hiệu quả được lâu. Ngoài ra chúng còn để lại những tồn dư dưới các dạng muối trong đất gây nên những hậu quả có thể kể như sau : Ngăn cản cây trồng hấp thụ những dưỡng chất cần thiết, tiêu diệt các loại vi sinh vật hữu ích cần thiết cho cây trồng . Phân bón hóa học có thể gây nguy hiểm và độc hại cho bạn và môi trường sống của bạn.
Phân Hữu Cơ giúp tạo nên sự phì nhiêu của đất canh tác từ đó tạo sự mạnh khỏe và vững bền cho cây trồng để chúng nâng cao khả năng chống chịu sâu bệnh. Phân hữu cơ bảo đảm cho bạn và cây trồng của bạn sống trong một môi trường an toàn và không bị nhiễm độc. Dùng phân hữu cơ sẽ tạo sự cân bằng về môi trường và một điều quan trọng là thúc đẩy việc xử lý các phế phẩm hữu cơ đang tồn đọng gây ô nhiễm môi trường trở thành phân bón.
2. Phân Hóa Học làm gia tăng sự mẫn cảm của cây trồng với các loại bệnh: Phân Hoá học có thể làm cây trồng dễ mẫn cảm với các loại bệnh hơn qua việc giết chết các Vi Sinh Vật (VSV) trong đất mà các VSV này nhằm bảo vệ cho cây trồng khỏi bị một chứng bệnh nào đó. Nhiều loại bệnh của cây trồng được khống chế bởi các VSV phát triển quanh vùng rễ cây. Hiện tượng thiếu các VSV này và một số vi lượng cần thiết là khá phổ biến ở các vùng đất thường xuyên được bón phân hóa học và sự thiếu các vi lượng thiết yếu này lại là lý do để sử dụng thêm phân hóa học. Kết quả là hệ thống rễ cây bị bao vây bởi quá nhiều một loại nguyên tố nào đó mà không thể hấp thụ các nguyên tố cần thiết khác do đó làm cho cây bị yếu đi vì mất cân đối dinh dưỡng và rất dễ bị các loại bệnh tấn công.
3. Phân Hóa Học ngăn cản sự hấp thụ các dưỡng chất cần thiết: Quanh vùng lông hút của rễ cây, keo đất từ mùn hữu cơ chuyển hầu hết các chất khoáng từ dung dịch đất sang hệ thống rễ cây và đi vào cây trồng. Những hạt mùn sẽ có hấp lực đối với các nguyên tố dinh dưỡng như đạm, lân, kali, và các nguyên tố kim loại khác. Phân hóa học được bón vào đất năm này qua năm khác sẽ gây nên sự thay đổi cơ bản cấu trúc của các hạt mùn hữu cơ và khi sử dụng liên tiếp, quá nhiều các phần tử phân hóa học đưa vào đất để mong đạt được sự phát triển mạnh và nhanh của cây trồng. Khi có quá nhiều phần tử bám quanh các hạt mùn làm cho hệ thống lông hút của bộ rễ bị bội thực một loại nguyên tố và không còn khả năng hấp thu các chất khoáng khác mà cây thực sự cần nữa.
4. Phân Hóa Học diệt các tập đoàn vi sinh vật : Đất cần phải được coi như một vật thể sống. Khi phân hóa học được sử dụng năm này qua năm khác, các Acid được tạo thành sẽ phá hủy các chất mùn hữu cơ phì nhiêu được tạo ra từ sự phân rã của các cơ thể sinh vật đất đã chết. Các chất mùn này có tính năng liên kết các hạt đá li ti với nhau tạo nên sự phì nhiêu của đất canh tác. Trên bề mặt của các vùng đất canh tác thường bón phân hóa học, các hạt đá không có keo mùn hữu cơ liên kết lại thường tạo thành một lớp rắn, ít hay nhiều không thấm nước, lớp rắn trên bề mặt này làm cho nước mưa hoặc nước tưới không thấm xuống đất được mà chảy ra các ao hồ hoặc sông suối. Như vậy lớp chất rắn bề mặt này đã ngăn cản không cho nước thấm xuống, đồng thời cũng không cho nước ở dưới ngấm lên trên để thoát hơi. Lớp đất phía dưới trở thành bị ngộp và có tính Acid. Trong lớp đất thiếu khí và có tính Acid này, mật độ VSV bị thay đổi và có thể bị chết.
5. Phân Hóa Học nguy hiểm và độc hại: Một số phân hóa học chứa hợp chất Nitrat. Khi được bón xuống đồng ruộng, nước mưa làm trôi các chất Nitrat này xuống ao hồ sông suối làm phát triển các loại rong tảo, khi rong tảo chết đi, quá trình phân hủy sẽ sử dụng rất nhiều Oxygen trong nước, hậu quả là nước bị thiếu dưỡng khí và làm các sinh vật không thể sống được. Ngoài ra dư lượng Nitrat trong rau hoặc các thực phẩm có thể gây ra việc chuyển hóa Hemoglobin trong máu thành Methemoglobin, sự chuyển hóa này xảy ra mạnh và nhiều hơn ở người trẻ, gây nên bệnh và chết người.
6. Hạn chế sử dụng các thuốc BVTV hóa học: Hầu hết thuốc BVTV tác động theo cơ chế là làm cho côn trùng bị ngộ độc mà chết. Một số có độc tính rất cao có thể gây chết hoặc bị thương cho con người, súc vật nuôi và các sinh vật khác trong thiên nhiên. Rất khó để kiểm soát các nông sản xem có còn tồn dư các thứ thuốc độc hại này khi chuẩn bị thành các món ăn. Nông sản được sản xuất theo hướng hữu cơ sẽ hạn chế tình trạng này và đem lại sự an toàn cho người tiêu thụ.