Quá trình tiêu hóa protein xảy ra ở dạ dày và tá tràng, trong đó có ba loại enzym chính là pepsin do dạ dày tiết ra và trypsin và chymotrypsin do tuyến tụy tiết ra sẽ phân hủy protein thức ăn thành polypeptid, sau đó được phân hủy bởi nhiều exopeptidaza và dipeptidaza thành các amino acid.