Lê Thánh Tông tổ chức thêm một số cơ quan chuyên môn không lệ thuộc vào 6 Bộ, bao gồm:

• Thông Chính ty: cơ quan phụ trách chuyển đạt giấy tờ của triều đình xuống và nhận đơn từ của nhân dân tâu lên vua. Đứng đầu là Thông chính sứ, trật Tòng tứ phẩm.
• Quốc Tử Giám: cơ quan giáo dục cao nhất trong cả nước. Đây là trường đại học của triều đình có nhiệm vụ đào tạo nhân tài cho quốc gia. Đứng đầu là Tế tửu, trật chánh tứ phẩm.
• Quốc sử viện: cơ quan chép sử của triều đình. Nhà vua nói gì, làm gì, sử quan đều phải ghi chép cẩn thận và trung thực. Đứng đầu là Quốc sử viện Tu soạn, trật chánh bát phẩm
• Khuyến nông sứ và Hà đê sứ: Hai cơ quan coi việc nông nghiệp và trông nom về thủy lợi, đê điều.