Việc đánh giá chúa Nguyễn và triều Nguyễn trong thời kỳ từ giữa thế kỷ XVI đến cuối thế kỷ XIX, hội thảo đã đạt được sự đồng thuận cao, khẳng định những cống hiến to lớn sau đây:

+ Các chúa Nguyễn đã có công mở rộng lãnh thổ về phía Nam đến tận đồng bằng sông Cửu Long và xác lập chủ quyền vững chắc trên vùng đất mới.

+ Tiếp tục thành tựu của phong trào Tây Sơn đã xóa bỏ tình trạng phân chia Đàng Trong- Đàng Ngoài, đặt cơ sở cho sự khôi phục nền thống nhất, Nguyễn Ánh và triều Nguyễn đã hoàn thành công cuộc thống nhất đất nước trên lãnh thổ rộng lớn bao gồm cả Đàng Trong và Đàng Ngoài.

+ Xây dựng và củng cố quốc gia thống nhất trên lãnh thổ Việt Nam hiện đại, bao gồm cả đất liền và hải đảo ven bờ cùng quần đảo trên biển Đông. Triều Nguyễn là một vương triều quân chủ tập quyền có những mặt hạn chế về chế độ chuyên chế, về một số chính sách đối nội, đối ngoại, nhưng cũng đạt nhiều tiến bộ về mặt quản lý quốc gia thống nhất, về cải cách hành chính, xây dựng thiết chế và cơ chế vận hành của bộ máy Nhà nước tổ chức rất qui củ.

+ Thời kỳ các chúa Nguyễn và triều Nguyễn để lại một di sản văn hóa đồ sộ bao gồm cả di sản vật thể và phi vật thể. Di sản này rải rộng trên cả nước từ Bắc chí Nam, là kết quả lao động sáng tạo của nhân dân ta, của cộng động các thành phần dân tộc Việt Nam, của các nhà văn hóa kiệt xuất tiêu biểu cho trí tuệ và tâm hồn dân tộc. Di sản này được kết tinh trong một số di sản đã được UNESCO công nhận là di sản văn hóa thế giới nghĩa là hàm chứa những giá trị mang ý nghĩa toàn cầu như Cố đô Huế, Nhã nhạc cung đình, phố cổ Hội An. Do thái độ phê phán trước đây về nhà Nguyễn nên một thời việc bảo tồn, phát huy giá trị của di sản này có phần bị hạn chế.

Trong số những vấn đề đặt ra trong hội thảo, bên cạnh những vấn đề nhất trí như trên còn những vấn đề cần tiếp tục nghiên cứu và thảo luận:

+ Về hành động Nguyễn Ánh cầu cứu đem 5 vạn quân Xiêm vào Gia Định, ký hiệp ước Versailles năm 1787, dựa vào lực lượng viện trợ của Bá Đa Lộc. Trên thực tế 5 vạn quân Xiêm đã bị quân Tây Sơn đánh tan ở trận Rạch Gầm-  Xoài Mút năm 1785 và hiệp ước Versailles không được thực thi vì sự bùng nổ của cách mạng Pháp năm 1789. Còn viện trợ do Bá Đa Lộc vận động từ các thuộc địa Pháp thì lực lượng tuy không nhiều nhưng cũng có tác dụng giúp Nguyễn Ánh trong việc xây thành lũy, huấn luyện quân sĩ, phát triển thủy quân, mua sắm vũ khí... và hoàn toàn năm trong sự kiểm soát của Nguyễn Ánh. Khi xem xét ngoại viện, điều quan trọng là cần phân tích và làm sáng tỏ hành động cầu ngoại viện có được kiểm soát trên cơ sở giữ được chủ quyền, đưa lại lợi ích cho đất nước hay không, nếu dẫn đến mất chủ quyền, mất độc lập là phạm tội làm mất nước, một tội ác không thể dung thứ. Trên tinh thần đó, tuy còn những khác biệt nhất định nhưng hội thảo đều cho rằng hành động đưa 5 vạn quân Xiêm vào Gia Định là một “điểm mờ”, một “tỳ vết” trong cuộc đời của Nguyễn Ánh.