Phương án một: Bảo tồn tập trung vào quản lý hiệu quả hệ thống khu bảo tồn hiện có để hạn chế sự suy giảm đa dạng sinh học. Cụ thể là giữ nguyên số lượng 146 khu bảo tồn trên đất liền (tổng diện tích là 2.283.076 ha); bảy khu bảo tồn biển (tổng diện tích là 153.587 ha).
 

Phương án hai: Tập trung tối đa qũy đất và nguồn lực cho công tác bảo tồn nhằm bảo vệ các hệ sinh thái tự nhiên quan trọng các loài và nguồn gen nguy cấp, quý, hiếm, giá trị cảnh quan thiên nhiên, di tích lịch sử văn hóa. Phương án này sẽ phát triển và mở rộng tối đa hệ thống khu bảo tồn, thành lập các cơ sở bảo tồn và hành lang đa dạng sinh học để đến năm 2020 sẽ có 214 khu bảo tồn trên đất liền; 16 khu bảo tồn biển.
 

Phương án ba: phương án hài hòa giữa phát triển kinh tế và bảo tồn đa dạng sinh học, có tính khả thi cao trong xây dựng quy hoạch, kế thừa các sản phẩm của các hoạt động đã và đang triển khai, thu hút nhiều sự tham gia của các ngành, lĩnh vực liên quan vào hoạt động bảo tồn và phát triển đa dạng sinh học để đến năm 2020 sẽ có 191 khu bảo tồn đất liền; 25 cơ sở bảo tồn; bốn hành lang đa dạng sinh học.