Vi khuẩn có vai trò trong thiên nhiên và trong đời sống con người:

- Chúng phân hủy các chất hữu cơ thành các chất vô cơ để cây sử dụng, do đó đảm bảo nguồn vật chất trong tự nhiên.

- Vi khuẩn góp phần hình thành than đá, dầu lửa, nhiều vi khuẩn có ích được ứng dụng trong công nghiệp và nông nghiệp.

 Vi khuẩn có hại gây bệnh cho người, vật nuôi, cây trồng và gây hiện tượng thối rữa làm hỏng thức ăn ô nhiễm môi trường. Một số bệnh do vi khuẩn gây ra : Nhiễm trùng da, Mụn trứng cá, Nhiễm trùng đường hô hấp, Bệnh cảm cúm, Ngộ độc thực phẩm,..