Các cơ quan khác nhau có cùng một chức năng tạo thành một hệ cơ quan. Trong cơ thể có nhiều hệ cơ quan, nhưng chủ yếu là: hệ vận động, hệ tuần hoàn, hệ hô hấp, hệ tiêu hóa, hệ bài tiết, hệ thần kinh, hệ nội tiết và hệ sinh dục.
Hệ vận động: gồm bộ xương và hệ cơ. Cơ thường bám vào hai xương khác nhau nên khi cơ co làm cho xương cử động, giúp cho cơ thể di chuyển được trong không gian, thực hiện được các động tác lao động.
Hệ tuần hoàn: gồm có tim và các mạch máu (động mạch, tĩnh mạch và mao mạch), có chức năng vận chuyển các chất dinh dưỡng, ô-xi và các hooc-môn đến từng tế bào và mang đi các chất thải để thải ra ngoài.
Hệ hô hấp: gồm có mũi, hầu, thanh quản, khí quản, phế quản và phổi, có nhiệm vụ đưa ô-xi trong không khí vào phổi và thải khí cac-bô-nic ra môi trường ngoài.
Hệ tiêu hóa: gồm có miệng, thực quản, dạ dày, gan, ruột non, ruột già, hậu môn và các tuyến tiêu hóa. Hoạt động của hệ tiêu hóa làm thức ăn biến đổi thành các chất dinh dưỡng cần thiết cho cơ thể và thải chất bã ra ngoài.
Hệ bài tiết: nước tiểu gồm 2 quả thận, ống dẫn nước tiểu và bóng đái. Thận là cơ quan lọc từ máu những chất thừa và có hại cho cơ thể để thải ra ngoài. Trong da có các tuyến mồ hôi cũng làm nhiệm vụ bài tiết.
Hệ thần kinh: gồm não bộ, tủy sống và các dây thần kinh, có nhiệm vụ điều khiển sự hoạt động của tất cả các cơ quan, làm cho cơ thể thích nghi với những sự thay đổi của môi trường ngoài và môi trường trong. Đặc biệt ở người, bộ não hoàn thiện và phát triển phức tạp là cơ sở của mọi hoạt động tư duy.
Hệ nội tiết: gồm các tuyến nội tiết như tuyến yên, tuyến giáp, tuyến tụy, tuyến trên thận và các tuyến sinh dục, có nhiệm vụ tiết ra các hooc-môn đi theo đường máu để cân bằng các hoạt động sinh lí của môi trường trong cơ thể nên có vai trò chỉ đạo như hệ thần kinh.
Hệ sinh dục: là hệ cơ quan có chức năng sinh sản, duy trì nòi giống ở người. Người phân tính nên cơ quan sinh dục có phân hóa thành tinh hoàn ở nam và buồng trứng ở nữ. Thông qua hoạt động tình dục mà sản phẩm của tinh hoàn và buồng trứng gặp nhau để tạo hợp tử rồi đến thai nhi, bắt đầu thời kì mang thai ở người mẹ.