Các nguyên nhân thất bại của phong trào Cần Vương:

Phong trào Cần Vương thất bại có nguyên nhân đến từ sự kháng cự chỉ có tính chất địa phương. Các lãnh đạo của phong trào chỉ có uy tín tại địa phương nơi xuất thân, khi họ bị bắt hoặc giết thì nghĩa quân đầu hàng hoặc giải tán.

Phong trào Cần Vương vẫn chưa hội tụ và tập hợp được thành một khối thống nhất; chưa có phương hướng hoạt động cũng như đường lối chiến lược rõ ràng đủ mạnh để chống Pháp.

 Các cuộc khởi nghĩa của phong trào Cần Vương không lấy được sự tin tưởng từ nhân dân bởi gốc rễ chưa xuất phát từ nông dân. Các đạo quân còn đi cướp bóc của dân chúng.

Việc xung đột với Công giáo của quân Cần Vương buộc nhiều giáo dân phải tự vệ bằng cách kết nối thông đồng với thực dân Pháp. Theo thống kê của người Pháp cho biết, có hơn 20.000 giáo dân đã bị quân Cần Vương giết hại.

Sự sai lầm trong chính sách sa thải các quan chức Việt, cho dân tộc thiểu số quyền tự trị khiến các sắc dân này đã đứng về phía Pháp. Chính người Thượng đã bắt Hàm Nghi. Các bộ lạc Thái, Mán, Mèo, Nùng, Thổ đều đã cắt đường liên lạc của quân Cần Vương. Họ cũng giúp quân Pháp chiến tranh phản du kích đầy hiệu quả.

Với vũ khí tự túc, thô sơ, quân Cần Vương khó mà đối đầu với vũ khí hiện đại của quân đội Pháp.

 Lực lượng của phong trào Cần Vương quá chênh lệch so với đội quân hùng mạnh của Pháp. Họ chỉ có thể tấn công vào những chỗ yếu, sơ hở của địch; không đủ khả năng thực hiện chiến tranh trực diện với lực lượng của địch.

Ngoại trừ một số thủ lĩnh có tinh thần chiến đấu đến cùng và hi sinh vì nước, không ít thủ lĩnh quân khởi nghĩa nhanh chóng buông vũ khí đầu hàng khi tương quan lực lượng bắt đầu bất lợi. Vì vậy mới khiến phong trào nhanh chóng suy yếu và tan rã.