Nội dung hiệp ước pa tơ nốt gồm 19 điều khoản, gồm những nội dung cơ bản sau đây:

– An Nam chấp nhận sự bảo hộ của Pháp (kể cả những người dân An Nam ở nước ngoài), Pháp sẽ đại diện cho An Nam trên quan hệ ngoại giao (kể cả với Trung Quốc)

– Các tỉnh nằm ở giữa ranh giới Nam Kỳ cho đến Ninh Bình (Trung Kỳ) vẫn thuộc quyền cai trị của quan chức An Nam; nhưng các vấn đề về hải quan, công chánh cần phải có sự chỉ đạo thống nhất, các dịch vụ cần phải sử dụng nhân viên người Âu Châu. Trong giới hạn này, cho phép việc mở cửa buôn bán với mọi quốc gia tại các cảng Tourane, Quy Nhơn, Xuân Đài, Đà Nẵng; những cảng mở thêm cửa trong tương lai phải có sự thống nhất của cả hai bên

– Viên công sứ toàn quyền sẽ ở trong nội thành Huế với một đội quân để chủ trì quan hệ ngoại giao, điều hành công việc của bộ máy bảo hộ.

– Những người nước ngoài thuộc bất cứ quốc tịch nào tại Bắc Kỳ và Trung Kỳ đều đặt dưới quyền tài phán của người Pháp

– Các hoạt động kinh tế và công tác thuế quan sẽ do người Pháp nắm giữ và điều hành.

Ngoài ra, một số nội dung khác đều tương tự như Hiệp ước Hác măng được ký kết trước đó.

– Triều đình Huế công nhận sự bảo hộ của người Pháp; mọi hoạt động ngoài giao kể cả với Trung Quốc đều do Pháp nắm giữ

– Cắt tỉnh Bình Thuận từ Trung Kỳ nhập vào Nam Kỳ – thuộc địa của Pháp từ năm 1874

– Quân Pháp được đóng quân ở cửa Thuận An và Đèo Ngang

– Cắt ba tỉnh Thanh – Nghệ – Tĩnh nhập vào Bắc Kỳ; các tỉnh Trung Kỳ từ Khánh Hòa đến Đèo Ngang thuộc triều đình nhà Nguyễn

– Khâm sứ Pháp tại Huế có quyền tự do ra vào và yết kiến vua

– Pháp có quyền đặt công sứ ở các tỉnh Bắc Kỳ để kiểm soát quan lại Việt Nam nhưng không ảnh hưởng đến việc nội trị

– Triều đình Huế phải rút quân khỏi Bắc Kỳ

– Công tác thuế quan đều do người Pháp điều hành