Trong quá trình chế biến nước mắm từ cá, người ta không loại bỏ ruột cá khi ủ cá và phải đậy kín trong thời gian dài vì:

- Trong ruột cá có sẵn hệ vi khuẩn và các enzim phân giải protein, do đó không được loại bỏ ruột cá, khi không còn các vi khuẩn và hệ enzim này, protein sẽ không được phân giải.

- Các vi khuẩn hoạt động ở đây là các vi khuẩn kị khí, cần đậy kín trong thời gian giài để chúng có thể phân giải và lên men tạo ra nước mắm.