Một số nhược điểm của chế phẩm vi sinh vật trong trồng trọt bao gồm:

1. Tác động tới môi trường: Chế phẩm vi sinh vật có thể gây ô nhiễm môi trường và ảnh hưởng đến sinh vật khác ngoài mục tiêu ban đầu.

2. Không hiệu quả với một số loại bệnh: Chế phẩm vi sinh vật có thể không hiệu quả trong việc phòng chống một số loại bệnh hoặc sâu bọ.

3. Độc hại đối với con người: Nếu sử dụng chế phẩm vi sinh vật không đúng cách, nó có thể gây độc hại cho con người, đặc biệt là khi tiếp xúc trực tiếp.

4. Chi phí cao: Sử dụng chế phẩm vi sinh vật có thể đòi hỏi chi phí cao, làm cho nó không phải là một giải pháp kinh tế cho các nhà nông.

5. Khó khăn trong việc lưu trữ và vận chuyển: Chế phẩm vi sinh vật có thể bị phân hủy trong quá trình vận chuyển hoặc lưu trữ, khiến nó không hiệu quả trong việc phòng chống bệnh tốt hơn.