Mặc dù sơ đồ tư duy trên giấy là một công cụ hữu ích trong quá trình tư duy và lập kế hoạch, tuy nhiên nó cũng có một số hạn chế như sau:

1. Giới hạn về không gian

2. Khó sửa đổ

3. Khó chia sẻ

4. Khó tạo kết nối

5. Khó theo dõi và quản lý