Chức năng của trụ não là điều khiển, điều hoà hoạt động của các nội quan như tuần hoàn, hô hấp, tiêu hoá do chất xám đảm nhiệm. 
Chức năng của tiểu não là điều khiển, điều hoà, phối hợp các cử động phức tạp và giữ thăng bằng cho cơ thể.
Chức năng của não trung gian là điều hoà quá trình trao đổi chất và thân nhiệt