Để tìm số tự nhiên có 3 chữ số và 3 chữ số đó khác nhau, ta có thể áp dụng nguyên tắc cấp số nhân.

Đầu tiên, ta có 9 cách chọn chữ số đầu tiên (không thể chọn 0 vì đề bài yêu cầu số tự nhiên). Sau đó, ta có 9 cách chọn chữ số thứ hai (vì chữ số thứ hai có thể trùng với chữ số đầu tiên). Cuối cùng, ta có 8 cách chọn chữ số cuối cùng (vì chữ số cuối cùng không thể trùng với chữ số đầu tiên và chữ số thứ hai).

Vậy, số tự nhiên có 3 chữ số và 3 chữ số đó khác nhau là 9 x 9 x 8 = 648.