Sự mâu thuẫn trong tư tưởng của các tác giả Hoàng Lê nhất thống chí đã ảnh hưởng đến nội dung của tác phẩm ở hai điểm chính:

• Thứ nhất, tác phẩm đã phản ánh một cách chân thực và khách quan hiện thực lịch sử giai đoạn cuối thế kỷ XVIII đầu thế kỷ XIX, trong đó có sự suy tàn của triều đình nhà Lê và thắng lợi của phong trào Tây Sơn.

Là những tri thức Trung Quân, các tác giả Hoàng Lê nhất thống chí vốn có lòng trung thành với nhà Lê. Tuy nhiên, họ cũng là những nhà văn sáng tác trên quan điểm tôn trọng sự thật lịch sử. Do đó, họ đã không né tránh việc phản ánh sự thật về sự suy tàn của triều đình nhà Lê. Trong tác phẩm, các tác giả đã khắc họa một cách chân thực và khách quan những biểu hiện của sự suy tàn đó, từ sự chia rẽ, tranh giành quyền lực giữa các thế lực phong kiến, đến sự nhu nhược, hèn nhát của vua Lê, quan lại.

Bên cạnh đó, các tác giả cũng đã dành những trang viết hào hùng để ca ngợi thắng lợi của phong trào Tây Sơn. Họ đã khẳng định vai trò của nhân dân trong thắng lợi của phong trào Tây Sơn, đồng thời phê phán những hành động tàn bạo của quân Thanh.

• Thứ hai, tác phẩm đã thể hiện sự phản kháng âm thầm của các tác giả đối với sự suy tàn của triều đình nhà Lê.

Mặc dù trong tác phẩm, các tác giả đã thể hiện sự trung thành với nhà Lê, nhưng họ cũng đã thể hiện sự phản kháng âm thầm đối với sự suy tàn của triều đình này. Sự phản kháng này thể hiện ở chỗ:

• Các tác giả đã lên án gay gắt những hành động tham lam, tàn bạo của các thế lực phong kiến, đồng thời bày tỏ niềm thương cảm đối với những người dân vô tội.
• Các tác giả đã ca ngợi tinh thần yêu nước, ý chí đấu tranh của nhân dân, đồng thời khẳng định sự tất yếu của thắng lợi của phong trào Tây Sơn.

Sự phản kháng âm thầm của các tác giả trong Hoàng Lê nhất thống chí là một biểu hiện của tinh thần yêu nước, thương dân của họ. Đồng thời, nó cũng là một minh chứng cho sự tiến bộ của tư tưởng của các tác giả, vượt qua những hạn chế của tư tưởng trung quân.