Con người sống trong môi trường có nhiều vi khuẩn nhưng vẫn sống khỏe mạnh nhờ vào hệ miễn dịch của cơ thể. Hệ miễn dịch là một hệ thống phức tạp bao gồm các tế bào và phân tử có khả năng nhận biết và tiêu diệt các tác nhân gây bệnh, bao gồm cả vi khuẩn.
Hệ miễn dịch của con người có khả năng nhận dạng vi khuẩn và kháng lại chúng. Khi vi khuẩn xâm nhập vào cơ thể, hệ miễn dịch sẽ phản ứng bằng cách sản xuất các tế bào miễn dịch và chất phòng vệ như kháng thể để tiêu diệt vi khuẩn. Ngoài ra, hệ miễn dịch cũng có khả năng "nhớ" các vi khuẩn đã từng xâm nhập vào cơ thể, giúp cơ thể đối phó tốt hơn nếu gặp lại chúng.
Ngoài ra, vi khuẩn cũng không phải lúc nào cũng gây hại cho con người. Trong một số trường hợp, vi khuẩn thậm chí có thể có lợi cho sức khỏe. Ví dụ, vi khuẩn đường ruột có thể giúp cân bằng hệ vi sinh đường ruột và hỗ trợ quá trình tiêu hóa.