Hệ cơ quan ở thực vật được chia thành hai loại chính là hệ cơ quan nguyên thủy và hệ cơ quan phát triển.

Hệ cơ quan nguyên thủy là hệ cơ quan ban đầu của thực vật, gồm có rễ, thân và lá. Rễ có chức năng hấp thụ nước và chất dinh dưỡng từ môi trường, thân có chức năng chống trọng lực và vận chuyển chất dinh dưỡng, lá có chức năng quang hợp và thực hiện quá trình trao đổi khí. Hệ cơ quan nguyên thủy thường gặp ở các loài thực vật nguyên thủy như rêu, dương xỉ, và các loài thực vật thấp.

Hệ cơ quan phát triển là hệ cơ quan phát triển từ hệ cơ quan nguyên thủy, bao gồm các cơ quan phụ như hoa, quả và hạt. Hoa có chức năng sinh sản, quả có chức năng bảo vệ và phân tán hạt, hạt có chức năng sinh sản và phát triển thành cây mới. Hệ cơ quan phát triển thường gặp ở các loài thực vật cao cấp như cây cỏ, cây lúa, cây hoa và cây rừng.