Thông thường, virion (hạt virus) không chỉ bao gồm phân tử RNA và lớp vỏ capsid. Ngoài RNA, virion còn chứa các protein khác có vai trò quan trọng trong chu kỳ sống của virus và tương tác với môi trường và người chủ.

Cụ thể, trong lớp vỏ capsid, có các protein capsid quanh mạch RNA, chúng có nhiệm vụ bảo vệ RNA virus khỏi sự phân hủy bởi enzym như RNase. Protein capsid cũng có thể đóng vai trò trong quá trình nhận diện và tương tác với tế bào chủ để tiếp tục quá trình nhiễm trùng.

Ngoài ra, các hạt virus có thể có protein màng (envelope protein) trên bề mặt với chức năng quan trọng trong quá trình tương tác với tế bào và việc điều chỉnh quá trình nhiễm trùng. Protein màng thường có vai trò quan trọng trong quá trình xâm nhập và tiếp xúc với màng tế bào chủ, cho phép virus xâm nhập vào tế bào và tiếp tục quá trình sao chép di truyền.

Có thể có những protein khác như protein polymerase hoặc protein enzym cần thiết để sao chép và tổ hợp các phân tử RNA mới, hoặc các protein khác liên quan đến việc thay đổi con mắt chủ, gây ra các triệu chứng bệnh và đáp ứng miễn dịch.

Tóm lại, các protein này làm vai trò quan trọng trong sự tồn tại, nhiễm trùng và tương tác của virus với tế bào chủ.