Để phát hiện 2 gen nào đó có liên kết hay phân li độc lập ta dùng phép lai phân tích.

      - Nếu kết quả phép lai phân tích cho tỉ lệ kiểu hình 1 : 1: 1 : 1 thì 2 gen quy định 2 tính trạng nằm trên 2 NST khác nhau.

      - Nếu tỉ lệ phân li kiểu hình ở đời con là 1 : 1 thì 2 gen liên kết với nhau hoàn toàn.

      - Nếu kết quả phép lai phân tích cho 4 kiểu hình với tỉ lệ không bằng nhau, trong đó 2 loại kiểu hình chiếm đa số (trên 50%) thì 2 gen cùng nằm trên 1 NST đã xảy ra hoán vị gen.