Nguyên sinh vật có sự đa dạng rất lớn về hình thái, từ những vi sinh vật nhỏ như vi khuẩn và vi rút đến những sinh vật lớn như cây cỏ, động vật và người. Hình thái của nguyên sinh vật có thể thay đổi từ hình dáng đơn giản như hình trụ, hình cầu đến hình dạng phức tạp như hình người, hình thú, hình cây. Sự đa dạng về hình thái của nguyên sinh vật chính là điều kiện để chúng tồn tại và phát triển trong môi trường sống khác nhau.