Tự thụ phấn bắt buộc ở cây giao phấn và giao phối gần ở động vật qua nhiều thế hệ có thể gây ra hiện tượng thoái hóa do sự giảm đa dạng gen trong quần thể. Khi các cá thể trong quần thể chỉ giao phối với nhau và không có sự đa dạng gen từ cá thể khác, sẽ dẫn đến việc giảm sự đa dạng gen trong quần thể. Điều này có thể dẫn đến sự suy giảm khả năng chống chọi với môi trường thay đổi, sự suy giảm khả năng thích ứng và tăng cơ hội cho các bệnh tật và di truyền xâm nhập.

Ví dụ về hiện tượng thoái hóa do tự thụ phấn bắt buộc có thể thấy ở một số loài cây như cây dừa. Trong một số trường hợp, cây dừa chỉ tự thụ phấn bắt buộc và không cần phải giao phối với cây khác. Điều này dẫn đến việc giảm đa dạng gen trong quần thể cây dừa, làm cho chúng trở nên yếu đuối và dễ bị tác động bởi các yếu tố môi trường khác nhau.