Nguyên nhân hàng đầu gây ra chứng cong vẹo cột sống là nguyên nhân tự phát ở tuổi vị thành niên (chiếm đến 85% các ca mắc bệnh). Đa số các bé trong độ tuổi đến trường đều có nguy cơ bị vẹo cột sống do phải mang cặp sách nặng làm vai bị lệch, bàn ghế ngồi học không đạt tiêu chuẩn tạo ra tư thế học tập sai. Các nguyên nhân khác bao gồm:

• Di truyền: Một số bệnh nhi bị cong vẹo, lệch cột sống từ lúc bẩm sinh.
• Các yếu tố tác động khi người mẹ mang thai hoặc sự phát triển của thai nhi diễn ra quá nhanh, không thích ứng kịp với cơ thể của mẹ cũng là nguyên nhân khiến cột sống của trẻ bị chèn ép, cong vẹo.
• Các bệnh lý cơ, thần kinh, suy dinh dưỡng khiến cột sống phát triển bất thường.
• Bàn chân bẹt: Khoảng 30% trẻ em châu Á mắc phải tật bàn chân bẹt, tức là tình trạng bàn chân không có vòm hay lõm, khiến chân bị xoay đổ vào trong. Bàn chân bẹt có thể khiến xương ở cẳng chân của trẻ bị xoay khi đi lại, chạy nhảy, khiến các khớp đầu gối cũng xoay lệch dẫn đến đau, viêm, thậm chí thoái hóa khớp gối. Nghiêm trọng hơn, sự lệch trục này còn dẫn đến chứng vẹo cột sống. Nếu không được can thiệp, chữa trị kịp thời sẽ gây nên những rắc rối trong sinh hoạt hằng ngày của trẻ.
• Nhiều trường hợp trẻ em bị chứng vẹo cột sống xuất phát do người lớn cho trẻ tập đứng, tập đi quá sớm.